La technicité de Myne en tant qu’expert-comptable des médecins libéraux et spécialistes
Myne, cabinet d’expertise comptable et de commissariat aux comptes installé à Paris 17e, accompagne des médecins libéraux, généralistes et spécialistes, en cabinet individuel comme en société, ainsi que les remplaçants et les collaborateurs. Le revenu d’un médecin ne vient pas d’une seule source : à l’honoraire conventionné s’ajoutent des forfaits, des rémunérations sur objectifs, parfois des dépassements et des vacations. Chacun a son mode de versement, son calendrier et son traitement fiscal, et c’est ce mélange, plus que le niveau d’activité, qui rend un résultat difficile à lire d’une année sur l’autre. S’y ajoutent les difficultés récurrentes de ces dossiers : la frontière de l’exonération de TVA à tracer acte par acte, la distinction entre rétrocession d’honoraires et redevance de collaboration, le régime des rémunérations d’associé de société d’exercice libéral et le coût de sortie le jour de la cession.
Nous accompagnons nos clients dans la tenue de leur comptabilité et leur déclaration de résultat, leurs déclarations fiscales et sociales, la paie du secrétariat, la constitution et le suivi juridique de leur société d’exercice et, pour les structures qui franchissent les seuils légaux, la préparation de la désignation d’un commissaire aux comptes ou la mission légale elle-même, jamais les deux pour la même entité. Les honoraires naissent dans le logiciel métier et dans les retours de télétransmission, pas dans le journal comptable : nous branchons la chaîne sur Pennylane, avec Qonto côté flux, et un suivi des rejets par motif. Nos repères sur les indicateurs d’un tableau de bord Pennylane expliquent pourquoi la qualité de la donnée précède le choix des indicateurs : dans un cabinet, cela commence par les honoraires télétransmis dont le rejet n’a pas encore été rejoué.
Les caractéristiques de l’exercice du médecin libéral
Un revenu composite, encaissé à des rythmes différents
Les honoraires télétransmis sont réglés par l’assurance maladie avec un délai court mais un taux de rejet non nul ; la part complémentaire dépend de chaque mutuelle ; les forfaits et rémunérations sur objectifs sont versés annuellement, souvent avec un décalage important par rapport à l’année d’activité concernée. Le médecin libéral relevant des bénéfices non commerciaux tient par défaut une comptabilité de recettes et dépenses : en trésorerie, ce décalage déplace mécaniquement du résultat d’un exercice sur l’autre.
Deux conséquences pratiques. Le suivi des rejets de télétransmission par motif est le premier outil de trésorerie d’un cabinet, bien avant le tableau de bord. Et une rémunération forfaitaire notifiée après la clôture ne se rattache pas nécessairement à l’exercice de son encaissement si le cabinet a opté pour la comptabilité d’engagement. Cette option rapproche le résultat de l’activité réelle, mais elle change la base de la première année et se décide sur un chiffrage : notre article sur la comptabilité d’engagement en BNC met les deux lectures d’une même recette en regard.
Secteur d’exercice et prise en charge des cotisations
Le secteur conventionnel détermine la liberté tarifaire, mais aussi la prise en charge d’une partie des cotisations sociales par l’assurance maladie, dont l’effet sur le revenu net est loin d’être marginal. Un changement de secteur ou l’adhésion à un dispositif de maîtrise tarifaire se chiffre donc sur le net après cotisations, pas sur le seul tarif affiché. C’est l’un des rares arbitrages du métier où le tarif affiché et le revenu disponible évoluent parfois en sens contraire.
Remplacements et collaboration : la position de chacun
Le remplaçant exerce en son nom, sous son propre numéro, et perçoit une rétrocession d’honoraires versée par le médecin remplacé. Chacun déclare : le remplacé enregistre l’intégralité des honoraires encaissés en recettes et la rétrocession en charge. Le remplaçant déclare la rétrocession en recettes. L’erreur courante, n’enregistrer que le solde conservé, fausse le chiffre d’affaires des deux praticiens et complique toute cession ultérieure, où l’acquéreur regarde précisément le volume d’honoraires produit par le cabinet.
La collaboration libérale obéit à la logique inverse : le collaborateur exerce en même temps que le titulaire, développe sa propre patientèle et lui verse une redevance pour l’usage du cabinet et de ses moyens. Un contrat où le titulaire encaisse tout et reverse un net brouille cette séparation et fragilise le caractère libéral de la relation, jusqu’à faire glisser celle-ci vers le salariat.
Le matériel, le local et le véhicule
Un cabinet de spécialité mobilise des équipements dont l’amortissement et le mode de financement pèsent réellement sur le résultat : achat, crédit-bail ou location n’ont ni le même effet sur la trésorerie, ni le même effet sur le bilan présenté à une banque. Le local mixte, très fréquent en médecine générale, ouvre une déduction au prorata de l’usage professionnel réel, qui doit être documentée et non simplement déclarée. Le véhicule se traite sur un autre critère encore, celui du kilométrage professionnel et du mode de financement.
Activités voisines
Deux situations déplacent le sujet hors de l’honoraire médical. Le radiologue ne perçoit pas seulement des honoraires : la part technique de l’acte et la redevance qui l’accompagne pèsent sur sa rémunération autant que le volume d’actes. Notre page radiologue traite ce partage du point de vue du praticien, et notre page imagerie médicale celui de la structure qui détient le plateau, où la TVA supportée sur les équipements n’est pas déductible et où la taxe sur les salaires devient un poste à part entière. Le cardiologue équipé se situe entre les deux, l’investissement en matériel et le choix de la société d’exercice libéral s’arbitrant ensemble. Lorsque le projet est collectif, c’est la structure porteuse des recettes communes qui devient le sujet : notre page centre de santé et maison de santé traite l’exercice coordonné et la société interprofessionnelle de soins ambulatoires.
Le régime fiscal et social du médecin libéral
S’installer, remplacer, reprendre
Le remplaçant est un libéral à part entière : immatriculation, choix du régime déclaratif, affiliation et cotisations provisionnelles. Beaucoup découvrent la régularisation de cotisations deux ans après leurs premiers remplacements, sans l’avoir provisionnée. Notre article sur les démarches administratives d’un médecin qui démarre reprend ces formalités dans l’ordre, de la déclaration de création jusqu’aux étapes qui suivent l’obtention du SIRET. Reprendre un cabinet suppose ensuite de valoriser la patientèle sur sa transférabilité réelle, de reprendre le bail, de traiter le sort du matériel et d’organiser l’accompagnement du cédant. Le financement et le traitement fiscal de l’acquisition se chiffrent avant la signature.
Quatre cadres d’exercice sont possibles : l’exercice individuel, la société d’exercice libéral, la société civile professionnelle et l’exercice coordonné. Le choix ne se limite pas à la fiscalité : il fixe le régime social du praticien, la façon dont les honoraires sont encaissés puis répartis, et les conditions de sortie. La contrainte de sortie est celle qu’on regarde le moins à l’entrée et qui pèse le plus au moment de céder.
Déclaration de résultat et charges du cabinet
La tenue rapproche les honoraires encaissés des retours de télétransmission et des relevés d’activité, écart par écart : un acte télétransmis mais non payé, un règlement reçu sans acte correspondant et un rejet non rejoué n’appellent pas le même traitement. S’y ajoutent le suivi des rétrocessions versées aux remplaçants et la tenue du registre des immobilisations, dont dépendent les amortissements portés à la déclaration de résultat.
Cotisations obligatoires et facultatives, local, matériel médical, formation, cotisations ordinales, assurance de responsabilité civile professionnelle : chaque poste suppose de séparer ce qui relève du cabinet de ce qui relève du foyer. Lorsqu’une partie du logement sert effectivement à l’activité, la déduction se calcule sur une quote-part et non sur une intention : notre article sur la déduction d’une partie du loyer personnel détaille ce calcul, et celui sur les frais de repas rappelle le barème et la règle de justificatifs qui s’y attachent. La majoration du bénéfice qui frappait les non-adhérents à un organisme de gestion agréé a par ailleurs été supprimée : l’adhésion se décide désormais sur ce qu’elle apporte, pas sur une pénalité à éviter.
Trésorerie, retraite et prévoyance
Cotisations provisionnelles régularisées avec un an de décalage, acomptes d’impôt, cotisations de retraite : le calendrier compte davantage que le solde bancaire. Notre modèle de plan de trésorerie permet de poser ces échéances mois par mois, et rappelle pourquoi une trésorerie tendue ne signifie pas un résultat dégradé. Régime de base, complémentaire et supplémentaire propres aux médecins, contrats facultatifs et leur plafond de déduction supposent un arbitrage à refaire chaque année entre rémunération et effort de prévoyance.
La couverture obligatoire en cas d’arrêt de travail comporte des délais de carence, et le besoin de complémentaire se calcule sur les charges fixes du cabinet qui continuent de courir (loyer, salaires, emprunts, cotisations) et non sur le revenu net. Notre article sur les indemnités journalières des professions libérales sépare les quatre-vingt-dix premiers jours d’arrêt de la période qui suit, décrit les démarches à engager et l’effet de l’arrêt sur les droits à retraite.
Employer un secrétariat
Employer un secrétariat suppose de fixer le contrat, de rattacher le poste à la convention applicable, c’est elle qui commande la classification et le minimum, puis de tenir les déclarations sociales mensuelles. L’alternative est de confier cette partie plutôt que d’ouvrir un logiciel de paie pour un ou deux bulletins : c’est l’objet de notre mission de gestion de la paie et d’accompagnement RH, qui couvre aussi les questions de droit social du quotidien.
Passer en société, s’associer et céder
Le calcul du passage en société intègre le coût social du dirigeant, le régime des rémunérations d’associé, désormais imposées en bénéfices non commerciaux et non plus en traitements et salaires, la capacité à conserver du résultat et le coût de sortie. Notre simulateur dividendes ou salaire chiffre le volet rémunération de cet arbitrage et rappelle un point souvent absent des comparaisons : l’impôt sur les sociétés est acquitté avant toute distribution. Faire entrer un associé ou accueillir un collaborateur suppose de trancher ensemble la redevance, les clés de répartition du résultat, la valorisation des parts et le fonctionnement des comptes courants.
La cession porte selon les cas sur une patientèle ou sur des parts de société. Le régime des plus-values professionnelles comporte plusieurs dispositifs d’exonération liés aux recettes, à la valeur cédée ou au départ en retraite : ces conditions se préparent deux exercices à l’avance, le niveau de recettes et la date effective de cessation ne se rattrapant pas l’année de la vente.
La TVA et les particularités fiscales du cabinet médical
L’exonération des soins et les actes qui en sortent
Les honoraires à finalité thérapeutique restent exonérés de TVA. En sortent notamment les actes esthétiques non pris en charge par l’assurance maladie, les expertises et certaines activités d’enseignement ou de formation. Un médecin qui développe l’une de ces activités devient redevable de la TVA sur cette part, avec les obligations déclaratives correspondantes. Le seuil de franchise en base applicable aux prestations de services est fixé à 37 500 € de recettes, avec une limite majorée de 41 250 € : au-delà, la part taxable se déclare et la comptabilité se sectorise.
Le seuil de 20 % en société civile de moyens
Le praticien qui exerce au sein d’une société civile de moyens doit surveiller un second seuil : ses recettes taxables menacent l’exonération des services rendus par le groupement dès lors qu’elles atteignent 20 % de ses recettes totales. Une activité accessoire d’expertise ou d’esthétique se mesure donc avant d’être développée, faute de quoi c’est le fonctionnement fiscal de la structure de moyens tout entière qui est remis en cause.
Facturation électronique et activité exonérée
Depuis le 1er septembre 2026, toute entreprise assujettie doit pouvoir recevoir une facture électronique. L’émission s’impose aux PME et microentreprises au 1er septembre 2027. Une activité intégralement exonérée reste hors du champ, mais une activité accessoire taxable (expertises, esthétique, formation) change la réponse, et le raccordement passe par une plateforme agréée. Notre page consacrée aux professions libérales classe les situations selon le type de clientèle, et celle sur la facturation électronique sans TVA traite le cas d’une structure qui abrite à la fois une activité exonérée et une activité accessoire taxable.
Liens utiles
- CGI, article 261, 4-1° et BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-10 : exonération des soins dispensés par les professions médicales.
- BOI-RSA-GER-10-30 et BOI-BNC-CHAMP-10-10-20-20 : imposition des rémunérations des associés de sociétés d’exercice libéral.
- CGI, article 93 A : option pour la détermination du bénéfice d’après les créances acquises et les dépenses engagées.
- CGI, articles 151 septies, 238 quindecies et 151 septies A : exonérations de plus-values professionnelles.
- CGI, article 158, 7 : suppression de la majoration applicable aux non-adhérents d’un organisme de gestion agréé.
- Code de la santé publique, articles R. 4127-65 et suivants : remplacement et exercice.
Questions courantes des médecins libéraux
Comment comptabiliser une rétrocession à un remplaçant ?
Le médecin remplacé enregistre en recettes l’intégralité des honoraires encaissés pendant le remplacement, et la rétrocession versée en charge. Le remplaçant déclare la rétrocession reçue en recettes. N’enregistrer que le solde conservé minore le chiffre d’affaires du cabinet et complique toute cession ultérieure.
Mes honoraires sont-ils soumis à la TVA ?
Les soins à finalité thérapeutique sont exonérés. Les actes esthétiques non pris en charge par l’assurance maladie, les expertises et certaines activités de formation en sortent et deviennent taxables. Une activité accessoire suffisante fait entrer le cabinet dans le champ, avec les obligations déclaratives associées.
Comment sont imposées mes rémunérations si j’exerce en SEL ?
Les rémunérations perçues au titre de l’activité libérale relèvent des bénéfices non commerciaux, et non plus des traitements et salaires. Seules les sommes correspondant à des fonctions de gérance nettement séparables restent en traitements et salaires. Cela remplace l’abattement de 10 % par la déduction des frais réels.
À quel exercice rattacher une rémunération forfaitaire notifiée l’année suivante ?
En comptabilité de trésorerie, à l’exercice de son encaissement. Sur option pour la comptabilité d’engagement, à l’exercice au titre duquel elle est due, par un produit à recevoir. C’est précisément ce type de rémunération qui rend les comparaisons annuelles trompeuses lorsque rien n’est retraité.
Un local mixte est-il déductible ?
Oui, au prorata de l’usage professionnel réel : surface effectivement affectée, quote-part de loyer, de charges et d’assurance. La déduction suppose un usage documenté et vérifiable, pas une simple affectation déclarative.
Le choix du secteur conventionnel a-t-il un effet fiscal ?
Il a surtout un effet social : selon le secteur et l’adhésion à un dispositif de maîtrise tarifaire, une partie des cotisations est prise en charge par l’assurance maladie. L’arbitrage se fait donc sur le revenu net après cotisations, et non sur le seul niveau tarifaire.
Faut-il acheter ou louer son matériel médical ?
L’achat crée un actif amortissable et pèse sur la trésorerie ; le crédit-bail lisse la charge mais alourdit la sortie à la levée d’option ; la location simple préserve la trésorerie sans construire de valeur. L’arbitrage dépend de la durée d’utilisation attendue et de l’obsolescence technique du matériel.
Un médecin remplaçant doit-il tenir une comptabilité ?
Oui. Il exerce en libéral et déclare ses rétrocessions comme des recettes, avec le choix entre régime micro-BNC et déclaration contrôlée. Le point de vigilance est la provision des cotisations : elles sont d’abord appelées à titre provisionnel sur un revenu antérieur, puis régularisées. La troisième année cumule donc la régularisation du passé et l’appel provisionnel de l’année en cours.
Autres secteurs
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Mise à jour le 23 septembre 2026.
