La technicité de Myne en tant qu’expert-comptable des pharmacies
Myne, cabinet d’expertise comptable et de commissariat aux comptes installé à Paris 17e, suit des officines, en nom propre ou en société d’exercice libéral. La pharmacie est un commerce de santé dont la marge est fixée par la réglementation et dont le stock se démode. Votre rentabilité ne se joue donc pas sur le prix de vente, que vous ne fixez pas, mais sur la structure de votre chiffre d’affaires et sur la rotation de vos références. Les problèmes récurrents des dossiers sont connus : un chiffre d’affaires tiré par des spécialités onéreuses qui ne fait pas progresser la marge, un stock valorisé sans dépréciation des références lentes, des remises sur génériques rattachées à l’encaissement des avoirs plutôt qu’aux achats, une ventilation de TVA erronée sur une famille de produits, et des rejets de tiers payant traités trop tard.
Nous prenons en charge la tenue de la comptabilité de l’officine, le suivi de la marge par famille, les déclarations fiscales et la TVA à trois taux, la paie des préparateurs, adjoints et apprentis, la structuration de la société d’exercice et de la détention des murs, l’audit d’acquisition et la préparation de la cession. Nous connectons le logiciel de gestion officinale, le terminal de paiement et les comptes bancaires à la comptabilité, avec une ventilation de TVA portée par la référence produit.
Les caractéristiques de l’activité d’officine
Une marge que vous ne fixez pas
Sur les médicaments remboursables, la rémunération de l’officine repose sur une marge dégressive lissée assise sur le prix fabricant, complétée par des honoraires de dispensation : à la boîte, à l’ordonnance, majorés pour les ordonnances complexes et les patients âgés. Cette architecture a une conséquence structurelle : sur les produits les plus chers, la part de marge proportionnelle est faible et la rémunération devient largement forfaitaire.
Un chiffre d’affaires en hausse tiré par des spécialités onéreuses peut donc s’accompagner d’une marge stable, voire d’une trésorerie dégradée, puisque le stock immobilisé augmente sans que la rémunération suive. Nous suivons la marge en euros par ligne d’ordonnance et la part des honoraires dans la rémunération totale, deux indicateurs qui expliquent la quasi-totalité des écarts entre officines comparables.
Le stock et ses fuites
Le stock représente couramment un poste lourd du bilan. Trois anomalies s’y logent : les références à rotation nulle achetées à l’occasion d’une remise, les périmés non constatés, et les écarts d’inventaire entre le stock informatique et le stock physique. Nous suivons la rotation par famille et provisionnons la dépréciation des références lentes plutôt que de découvrir l’écart à l’inventaire annuel. Le stock se valorise au coût d’achat, avec dépréciation des références à rotation nulle et sortie des périmés : un stock valorisé sans cette correction surévalue à la fois l’actif et le résultat.
Génériques, remises et conditions d’achat
Les remises consenties par les fabricants sur les spécialités génériques sont plafonnées en pourcentage du prix fabricant hors taxes, par un plafond réglementaire révisable. Dépasser ce plafond expose le fournisseur comme l’officine. Elles constituent un élément déterminant de la marge de l’officine, mais leur comptabilisation doit suivre les achats de la période, et non l’encaissement des avoirs, souvent trimestriel. Rattacher une remise à l’exercice de son encaissement déforme la marge des deux exercices concernés. La négociation des conditions d’achat se prépare avec les volumes réels par laboratoire et le taux de substitution effectif, pas avec un objectif commercial théorique.
Paie et convention de la pharmacie d’officine
Notre mission de paie traite préparateurs, adjoints et apprentis selon la convention collective de la pharmacie d’officine, avec ses coefficients propres. Le poids des charges de personnel fait partie des indicateurs que nous suivons avec la marge et la rotation du stock.
Activités voisines
Deux voisinages passent pour proches de l’officine alors que leur économie n’a presque rien de commun avec elle. Un laboratoire de biologie médicale est lui aussi remboursé, mais sa structure de coûts est commandée par l’accréditation et son pilotage passe par le coût de l’acte coté plutôt que par une marge sur des produits achetés : c’est ce que traite notre page laboratoire d’analyses médicales. À l’inverse, un point de vente qui ne dispense pas de médicaments n’a ni tiers payant ni prix administré, mais retrouve la question du stock sous une autre forme : un assortiment sélectif et des testeurs qui ne seront jamais vendus. Notre page parfumerie traite ce cas, proche de votre rayon de parapharmacie.
Décrivez votre activité, vos sources de revenus et la difficulté du moment. Notre équipe vous répond sous 24 h ouvrées.
Le régime fiscal et social du pharmacien d’officine
Depuis 2024, la rémunération en SEL est un BNC
Les rémunérations perçues par l’associé d’une société d’exercice libéral au titre de son activité libérale relèvent des bénéfices non commerciaux, et non plus des traitements et salaires. La disparition de l’abattement de 10 % au profit des frais réels change le calcul de nombreux montages de SELARL de pharmaciens constitués avant cette date.
Acquérir ou s’associer : audit, financement, structure et murs
Avant de signer, nous retraitons les trois derniers exercices, isolons la marge par famille, mesurons la rotation du stock repris, vérifions le poids des honoraires de dispensation et l’exposition aux spécialités onéreuses. Deux officines au même chiffre d’affaires peuvent avoir des rentabilités éloignées de plusieurs points. Le prix se négocie en multiple de l’excédent brut d’exploitation retraité bien plus qu’en pourcentage de chiffre d’affaires. Nous construisons le plan de financement en intégrant le besoin en fonds de roulement lié au stock et au tiers payant, que les plans standards sous-estiment systématiquement. Nous arbitrons la forme de la société d’exercice et la détention du local, le cas échéant via une SCI à l’IS.
Marge, tiers payant et trésorerie au quotidien
Nous décomposons la marge entre ordonnances, médication familiale et parapharmacie : ces trois blocs n’ont ni le même taux, ni la même rotation, ni le même levier commercial. Les rejets de télétransmission et les impayés de complémentaires se traitent dans le mois : passé un trimestre, une part significative devient irrécouvrable faute de délai de reprise. Nous suivons un plan de trésorerie qui intègre le décalage entre le règlement des grossistes et l’encaissement du tiers payant. Le besoin en fonds de roulement se finance en modélisant cet écart, puis en calibrant la ligne court terme sur le pic saisonnier réel et non sur une moyenne annuelle. Les indicateurs à suivre sont la marge en euros par ligne d’ordonnance, la part des honoraires de dispensation, la rotation du stock par famille, le taux de rejet de tiers payant et le poids des charges de personnel.
Assortiment, achats et missions nouvelles
Nous identifions les références à rotation nulle immobilisant de la trésorerie et arbitrons entre déréférencement, retour fournisseur et dépréciation. Vaccination, entretiens pharmaceutiques, tests : ces actes ont un coût en temps de pharmacien qu’il faut rapporter à leur rémunération avant de décider de les développer.
Cession, transmission et commissaire aux comptes
Pour préparer la vente de l’officine, nous reconstituons une rentabilité normative, purgeons les charges non récurrentes, documentons la structure de marge et traitons le stock, dont la valorisation au jour de la cession est un point de négociation à part entière. Les régimes d’exonération de plus-value applicables au départ à la retraite se préparent en amont.
Une officine exploitée en société d’exercice libéral atteint un chiffre d’affaires élevé pour une équipe restreinte : le critère du chiffre d’affaires est celui qui se franchit en premier. Une société de participations financières détenant plusieurs officines s’apprécie, elle, sur l’ensemble qu’elle contrôle. Dans les deux cas, la désignation d’un commissaire aux comptes peut devenir obligatoire. Ce ne peut pas être le cabinet qui tient votre comptabilité : Myne exerce les deux métiers, mais jamais pour la même entité. Si nous tenons vos comptes, nous préparons la désignation et l’intervention d’un confrère et produisons les états qu’il demandera. Si vous nous confiez la mission légale, votre comptabilité reste tenue par ailleurs. Notre page sur la mission du commissaire aux comptes précise quand la désignation devient obligatoire. L’apport du fonds officinal à une société d’exercice, à l’installation ou lors d’une association, fait intervenir un commissaire aux apports : il évalue le fonds apporté, sur cette opération seulement.
La TVA et les particularités fiscales de l’officine
Trois taux de TVA au même comptoir
Les médicaments remboursables relèvent du taux particulier de 2,1 %, les médicaments non remboursables de 10 %, la parapharmacie et une large part des dispositifs de 20 %. La ventilation ne se corrige pas en fin de mois : elle est portée par le paramétrage de chaque référence dans le logiciel de comptoir. Une erreur de taux sur une famille de produits se répète des milliers de fois avant d’être détectée. C’est pourquoi la ventilation de TVA transmise à la comptabilité est portée par la référence produit, depuis le logiciel de gestion officinale.
Facturation électronique et vente au détail
La réception des factures électroniques est obligatoire depuis le 1er septembre 2026. L’émission concernera les PME et microentreprises au 1er septembre 2027. Vos ventes aux particuliers relèvent de l’e-reporting. Notre page sur la facturation électronique en commerce de détail sépare cette réforme de celle du logiciel de caisse, que l’on confond souvent, et traite le cas du client professionnel qui demande une facture au comptoir.
Liens utiles
- Code de la sécurité sociale, article L. 162-16-1 : convention nationale des pharmaciens et honoraires de dispensation.
- Code de la santé publique, article L. 5123-1 : prix de vente au public des médicaments ; code de la sécurité sociale, articles L. 162-16-4 et L. 162-38 et arrêté du 4 août 1987 : prix public et marge de l’officine.
- Code de la sécurité sociale, article L. 138-9 : plafonnement des remises sur les spécialités génériques.
- Code général des impôts, article 281 octies : taux de 2,1 % applicable aux médicaments remboursables.
- Rescrit BOI-RES-BNC-000136 du 24 avril 2024 : imposition en BNC des rémunérations d’associés de sociétés d’exercice libéral à compter de 2024.
- Convention collective nationale de la pharmacie d’officine (IDCC 1996).
- Article 91 de la loi de finances pour 2024 : calendrier de la facturation électronique.
Questions courantes sur la comptabilité et la fiscalité des pharmacies
Comment est calculée la marge sur les médicaments remboursables ?
Par une marge dégressive lissée assise sur le prix fabricant, complétée par des honoraires de dispensation à la boîte et à l’ordonnance. La part proportionnelle diminue quand le prix augmente : la rémunération des spécialités onéreuses est essentiellement forfaitaire.
Quels taux de TVA appliquer en officine ?
2,1 % sur les médicaments remboursables, 10 % sur les médicaments non remboursables, 20 % sur la parapharmacie et une large part des dispositifs. La ventilation se paramètre référence par référence.
Comment comptabiliser les remises sur génériques ?
En rattachement aux achats de la période concernée, et non à la date d’encaissement des avoirs. Un décalage trimestriel non retraité déforme la marge de deux exercices.
Les remises sur génériques sont-elles plafonnées ?
Oui, en pourcentage du prix fabricant hors taxes, par un plafond réglementaire révisable. Dépasser ce plafond expose le fournisseur comme l’officine.
Comment valoriser le stock d’une officine ?
Au coût d’achat, avec dépréciation des références à rotation nulle et sortie des périmés. Un stock valorisé sans cette correction surévalue à la fois l’actif et le résultat.
Comment est imposée la rémunération d’un associé de SELARL depuis 2024 ?
En bénéfices non commerciaux pour la part correspondant à l’activité libérale, avec frais réels au lieu de l’abattement de 10 %.
Comment se valorise une pharmacie à la vente ?
Principalement en multiple d’excédent brut d’exploitation retraité, le pourcentage de chiffre d’affaires n’étant qu’un repère grossier. Le stock se valorise et se négocie séparément.
Comment financer le besoin en fonds de roulement d’une officine ?
En modélisant l’écart entre le délai de règlement des grossistes et celui du tiers payant, puis en calibrant la ligne court terme sur le pic saisonnier réel et non sur une moyenne annuelle.
Autres secteurs
- Médical et professions de santé
- Professions libérales
- Avocats
- Notaires
- Freelances et indépendants
- Commissaires de justice et professions judiciaires
- Commissaires-priseurs
- Radiologues et imagerie médicale
Contactez-nous
Un exercice complet, un état de stock et vos conditions d’achat suffisent à dire d’où vient réellement votre marge, ce que coûte votre stock dormant et ce que vaut votre officine. Pour un projet d’acquisition, les trois derniers exercices de l’officine visée permettent d’isoler la marge par famille et de mesurer la rotation du stock repris avant de signer. Contactez le cabinet.
Mise à jour le 18 septembre 2026.
