La technicité de Myne en tant qu’expert-comptable des professionnels de santé
Myne, cabinet d’expertise comptable et de commissariat aux comptes installé à Paris 17e, accompagne des professionnels de santé libéraux, en exercice individuel comme en société : praticiens seuls en déclaration contrôlée, collaborateurs et remplaçants, associés de société d’exercice libéral, cabinets de groupe. Deux changements récents ont modifié en profondeur la fiscalité de ces dossiers et n’ont pas encore été répercutés partout : la rémunération des associés de SEL relève désormais des BNC et non plus des traitements et salaires, et la majoration de 25 % des non-adhérents à un organisme de gestion agréé a été supprimée. Les deux modifient l’arbitrage de structure. S’y ajoutent les problèmes que ces dossiers soulèvent au quotidien : un résultat qui dépend du calendrier d’encaissement des caisses et des mutuelles, la frontière de l’exonération de TVA à tracer acte par acte, la distinction entre rétrocession d’honoraires et redevance de collaboration, le passage en société et le coût de sortie le jour de la cession.
Nous accompagnons nos clients dans la tenue de leur comptabilité et leur déclaration 2035, leurs déclarations fiscales et sociales, la paie des salariés du cabinet, la constitution et le suivi juridique de leur société d’exercice et, pour les structures qui franchissent les seuils légaux, la préparation de la désignation d’un commissaire aux comptes ou la mission légale elle-même, jamais les deux pour la même entité. Les honoraires naissent dans le logiciel de cabinet et dans les retours de télétransmission, pas dans le journal comptable : nous branchons la chaîne sur Pennylane, avec Qonto côté flux, et un suivi des rejets qui est le premier outil de trésorerie d’un cabinet.
Les caractéristiques de l’exercice libéral des professions de santé
Les modes d’exercice et leur cadre juridique
Exercice individuel, société d’exercice libéral, société civile professionnelle, collaboration libérale ou remplacement : chaque forme a son régime social, sa fiscalité et ses contraintes de sortie. La contrainte de sortie est celle qu’on regarde le moins à l’entrée et qui pèse le plus au moment de céder. Les sociétés d’exercice libéral et les sociétés de participations financières de professions libérales relèvent de la loi n° 90-1258 du 31 décembre 1990, avec des limites de détention propres aux professions réglementées.
Le contrat de collaboration organise une distinction qui est fiscale autant que juridique. Le collaborateur perçoit des honoraires rétrocédés et verse une redevance de collaboration au titulaire : chacun déclare ses propres recettes, et la redevance est une charge déductible pour l’un, une recette pour l’autre. Un contrat mal rédigé, où le titulaire encaisse tout et reverse un net, crée une confusion qui se paie en contrôle et peut faire glisser la relation vers le salariat.
Une comptabilité de trésorerie, et ce qu’elle cache
Le professionnel libéral relève des bénéfices non commerciaux et tient, par défaut, une comptabilité de recettes et dépenses : l’honoraire est un produit lorsqu’il est encaissé, la charge une dépense lorsqu’elle est payée. Ce principe simple a une conséquence que peu de praticiens mesurent : le résultat fiscal dépend du calendrier d’encaissement des caisses et des mutuelles autant que de l’activité réelle. Les délais de télétransmission et les rejets déplacent du résultat d’un exercice à l’autre : un décembre chargé encaissé en janvier allège l’année en cours et alourdit la suivante.
Une option pour la comptabilité d’engagement est possible : elle rapproche le résultat de l’activité, mais elle change la base de la première année et se décide sur un chiffrage. Notre article sur la comptabilité d’engagement en BNC montre sur un cas simple les deux lectures opposées d’une même recette, et rappelle les conditions et le délai de l’option. Au quotidien, le suivi des honoraires se fait par mode d’encaissement, puis se rapproche des relevés SNIR et des retours de télétransmission : c’est ce rapprochement qui fait apparaître les actes rejetés et non représentés.
Salariés du cabinet, cotisations, retraite et prévoyance
Employer un secrétariat, un assistant ou un apprenti suppose de fixer le rattachement conventionnel, d’établir le contrat et de tenir les déclarations qui suivent chaque entrée et chaque sortie. Notre mission d’externalisation de la paie décrit le circuit des variables et ce que l’employeur doit rester en mesure de vérifier lui-même.
Pour le praticien lui-même, cotisations provisionnelles régularisées avec un an de décalage, acomptes d’impôt et échéances de retraite se pilotent sur un calendrier, pas sur un solde bancaire. Notre modèle de plan de trésorerie permet de poser ces échéances mois par mois, y compris la régularisation de cotisations qui tombe avec un exercice de retard. La couverture obligatoire des libéraux en cas d’arrêt de travail reste limitée et comporte des délais de carence : le calcul du besoin de couverture complémentaire se fait sur les charges fixes du cabinet, pas sur le revenu net. Notre article sur les indemnités journalières d’un libéral détaille ce qui est versé avant et après le quatre-vingt-dixième jour d’arrêt, et donc la période qui reste entièrement à votre charge.
Commissaire aux comptes et commissaire aux apports
Une société d’exercice libéral, un cabinet de groupe constitué en société ou une société de participations financières de professions libérales peut franchir les seuils légaux et devoir désigner un commissaire aux comptes. Ce ne peut pas être le cabinet qui tient votre comptabilité : l’expertise comptable et le commissariat aux comptes ne se cumulent pas sur une même structure, l’indépendance du commissaire l’interdisant. Si nous tenons vos comptes, nous vous aidons à préparer la désignation et l’intervention d’un confrère, et nous produisons les états et justificatifs qu’il demandera. Si vous nous confiez la mission légale, votre comptabilité reste tenue par ailleurs. Notre page sur la mission du commissaire aux comptes précise quand la désignation devient obligatoire et comment elle se déroule.
L’apport d’une patientèle ou d’un équipement à une société d’exercice relève d’une autre logique : il fait intervenir un commissaire aux apports, mission ponctuelle et distincte, qui évalue l’apport au moment de la constitution ou de l’augmentation de capital.
Les activités voisines qui changent la mécanique comptable
Toutes les professions de santé partagent le BNC et l’exonération de TVA sur les soins, mais quatre situations changent assez la mécanique comptable pour être traitées à part. Quand l’exercice suppose un plateau technique, la question devient la redevance versée pour son utilisation et le partage du forfait technique entre l’exploitant de l’appareil et le praticien qui interprète : c’est le sujet de nos pages radiologue et imagerie médicale, cette dernière traitant aussi la TVA non déductible et la taxe sur les salaires qui en découle. Quand une partie du revenu vient de la vente d’un dispositif (prothèse, orthèse, appareillage), le cabinet devient partiellement commerçant : il porte un stock, une marge et parfois une TVA. Nos pages chirurgien-dentiste, pédicure-podologue et audioprothésiste détaillent ces points.
Quand la profession n’est pas conventionnée ou que le soin voisine avec du conseil, la frontière de l’exonération de TVA se déplace et doit être tracée acte par acte : voir ostéopathe, psychologue et diététicien. Enfin, l’exercice collectif obéit à d’autres règles que l’exercice individuel : partage des honoraires, financements publics affectés, comptes à rendre à un financeur. Nos pages centre et maison de santé, clinique privée et secteur sanitaire et social traitent ces trois formes.
Métiers également suivis sur cette page
- Maisons de retraite et EHPAD : tarification par section (hébergement, dépendance, soins), CPOM et dotations, immobilisations lourdes, masse salariale et conventions collectives.
- Cliniques privées : honoraires des praticiens et redevances de mise à disposition, tarification à l’activité, dépenses de matériel médical, TVA partielle.
- Crèches et micro-crèches : prestation de service unique de la CAF, participation des familles, agréments et taux d’encadrement, subventions à rattacher.
- Vétérinaires : actes exonérés ou taxés selon leur nature, ventes de médicaments et d’aliments avec stock, matériel d’imagerie, exercice en société.
Décrivez votre activité, vos sources de revenus et la difficulté du moment. Notre équipe vous répond sous 24 h ouvrées.
Le régime fiscal et social du professionnel de santé libéral
S’installer : reprise de patientèle, mode d’exercice, zones
Le prix d’une patientèle se justifie par sa transférabilité réelle : ancienneté, âge moyen, part de la patientèle liée à la personne du praticien, accompagnement du cédant. Le financement, l’amortissement éventuel et le traitement fiscal de l’acquisition se chiffrent avant l’acte.
L’installation dans certaines zones ouvre des exonérations temporaires d’impôt sur les bénéfices et, sur délibération, de fiscalité locale. Le zonage a été refondu (les zones de revitalisation rurale ont laissé place au dispositif France Ruralités Revitalisation), et l’éligibilité se vérifie commune par commune, à la date d’installation.
La rémunération des associés de SEL est passée en BNC
C’est le changement le plus structurant de ces dernières années pour les praticiens en société d’exercice libéral. Les rémunérations perçues par un associé de SEL au titre de son activité libérale relèvent désormais des bénéfices non commerciaux, et non plus des traitements et salaires. Seules les sommes correspondant à des fonctions de gérance nettement séparables y échappent : elles sont imposées selon les règles des traitements et salaires, au titre de l’article 62 du code général des impôts pour le gérant majoritaire de SELARL, de l’article 80 ter pour les dirigeants de SELAFA et de SELAS et les gérants minoritaires de SELARL.
Les conséquences sont concrètes et souvent découvertes après coup : l’abattement de 10 % disparaît au profit des frais réels, une déclaration 2035 doit être tenue au niveau de l’associé, et la question du rattachement des charges (cotisations, véhicule, formation) se pose entre la société et l’associé. Un praticien en SEL qui déclare encore en traitements et salaires prend un risque, et il perd probablement de la déduction.
Charges déductibles et fin de la majoration de 25 %
Cotisations obligatoires et facultatives, local professionnel, véhicule, matériel, formation, cotisations ordinales, assurance de responsabilité civile professionnelle. Les zones grises récurrentes sont le local mixte, le véhicule et les frais de repas. Chacune se règle sur un critère différent : le véhicule sur le kilométrage professionnel et le mode de financement, le local mixte sur la surface effectivement affectée aux soins, les frais de repas sur un barème annuel assorti d’une règle de justificatifs.
Pendant des décennies, un professionnel libéral non adhérent à un organisme de gestion agréé voyait son bénéfice majoré de 25 % pour le calcul de l’impôt. Cette majoration a été supprimée. L’adhésion à un OGA conserve un intérêt (accompagnement, examen de cohérence, réduction d’impôt pour frais de comptabilité dans certaines situations) mais elle n’est plus une évidence économique : elle se décide désormais sur ce qu’elle apporte réellement, pas sur une pénalité évitée.
Passer en société, interposer une SPFPL, s’associer et céder
Le passage en SEL ne se juge pas sur le seul taux d’impôt. Il faut intégrer le coût social du dirigeant, le nouveau régime BNC des rémunérations d’associé, la capacité à conserver du résultat dans la société, et le coût de sortie le jour de la cession. Notre simulateur dividendes ou salaire chiffre le troisième de ces paramètres, celui du prélèvement du dirigeant. Les trois autres se traitent dossier par dossier, la SEL ayant ses propres règles de rémunération des associés. Une SPFPL permet de détenir des titres de SEL, de financer une acquisition en faisant remonter les dividendes sous le régime des sociétés mères et d’organiser une transmission progressive, dans les limites de détention propres aux professions réglementées.
Faire entrer un associé suppose de trancher ensemble la valorisation des parts, le sort de la patientèle constituée à titre personnel, les clés de répartition du résultat et le fonctionnement des comptes courants. Ces règles se rédigent à l’entrée, pas au moment où l’un des associés veut sortir. La cession porte selon les cas sur une patientèle, des parts de société ou un droit de présentation. Le régime des plus-values professionnelles comporte plusieurs dispositifs d’exonération liés aux recettes, à la valeur cédée ou au départ en retraite : ils se préparent deux exercices à l’avance, pas au moment de l’acte.
La TVA et les particularités fiscales des professions de santé
L’exonération des soins, et les actes qui en sortent
Les soins dispensés aux personnes par les membres des professions médicales et paramédicales réglementées sont exonérés de TVA. L’exonération n’est ni générale ni définitive : elle couvre les actes à finalité thérapeutique. En sortent notamment les actes de médecine et de chirurgie esthétique non pris en charge par l’assurance maladie, les expertises, certaines activités de formation et la location de matériel. Ces recettes taxables peuvent rendre le praticien redevable de la TVA sur une partie de son activité, avec les obligations déclaratives correspondantes.
Société civile de moyens : le seuil de 20 %
Lorsque le praticien exerce au sein d’une société civile de moyens, ses recettes taxables menacent l’exonération des services rendus par le groupement dès lors qu’elles atteignent 20 % de ses recettes totales. Le sujet est détaillé sur notre page centre de santé et maison de santé.
Facturation électronique et professionnels exonérés de TVA
Depuis le 1er septembre 2026, toute entreprise assujettie doit pouvoir recevoir une facture électronique ; l’émission s’impose aux PME et microentreprises au 1er septembre 2027. Un praticien dont l’activité est intégralement exonérée reste tenu de pouvoir recevoir des factures électroniques : seule l’émission est écartée, et uniquement pour les opérations exonérées visées aux articles 261 à 261 E du code général des impôts. Une activité accessoire taxable rend l’émission obligatoire pour cette part. Notre page sur la facturation électronique sans TVA traite ce cas de l’activité partiellement taxable, où deux régimes coexistent dans la même structure ; celle consacrée aux professions libérales ajoute la matrice par type de clientèle et l’effet de la TVA sur encaissements sur le calendrier des transmissions.
Liens utiles
- CGI, article 261, 4-1° et BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-10 : exonération des soins dispensés par les professions médicales et paramédicales.
- BOI-RSA-GER-10-30 et BOI-BNC-CHAMP-10-10-20-20 : régime d’imposition des rémunérations des associés de sociétés d’exercice libéral.
- CGI, article 158, 7 : suppression de la majoration applicable aux non-adhérents d’un organisme de gestion agréé.
- CGI, article 93 A : option pour la détermination du bénéfice d’après les créances acquises et les dépenses engagées.
- CGI, articles 44 quindecies A et suivants : dispositif France Ruralités Revitalisation.
- CGI, articles 151 septies, 238 quindecies et 151 septies A : exonérations de plus-values professionnelles.
- Loi n° 90-1258 du 31 décembre 1990 : sociétés d’exercice libéral et sociétés de participations financières de professions libérales.
Questions courantes des professionnels de santé libéraux
La rémunération d’un associé de SEL est-elle un salaire ?
Non, plus depuis la réforme : les rémunérations perçues au titre de l’activité libérale relèvent des bénéfices non commerciaux. Seules les sommes correspondant à des fonctions de gérance nettement séparables restent imposées selon les règles des traitements et salaires, au titre de l’article 62 du code général des impôts pour le gérant majoritaire de SELARL. Concrètement, l’abattement de 10 % laisse place aux frais réels et une déclaration de résultat doit être tenue au niveau de l’associé.
Faut-il encore adhérer à un organisme de gestion agréé ?
Ce n’est plus une nécessité fiscale : la majoration de 25 % du bénéfice des non-adhérents a été supprimée. L’adhésion garde un intérêt d’accompagnement et d’examen de cohérence, mais elle se décide désormais sur ce qu’elle apporte, pas sur une pénalité à éviter.
Mes honoraires sont-ils soumis à la TVA ?
Les soins dispensés aux personnes par les professions médicales et paramédicales réglementées sont exonérés, à condition d’avoir une finalité thérapeutique. Les actes esthétiques non pris en charge, les expertises et certaines formations en sortent et deviennent taxables, avec les obligations déclaratives correspondantes.
Quelle différence entre rétrocession d’honoraires et redevance de collaboration ?
La rétrocession est la part d’honoraires que le titulaire reverse au collaborateur pour les actes que celui-ci a réalisés. La redevance est ce que le collaborateur verse au titulaire pour l’usage du cabinet et de ses moyens. Chacun déclare ses propres recettes et ses propres charges. Un montage où le titulaire encaisse tout et reverse un net brouille cette séparation et fragilise le caractère libéral de la collaboration.
Faut-il opter pour la comptabilité d’engagement ?
Elle rapproche le résultat de l’activité réelle et neutralise l’effet des délais d’encaissement des caisses et des mutuelles, ce qui rend les comparaisons annuelles exploitables. En contrepartie, l’année de passage supporte un retraitement, et l’option engage. Elle se décide sur un chiffrage, pas par principe.
Comment se valorise une patientèle ?
Sur sa transférabilité réelle plutôt que sur un pourcentage d’honoraires : ancienneté et régularité de la patientèle, part liée à la personne du praticien, accompagnement prévu par le cédant, emplacement et bail. Une patientèle très dépendante du praticien sortant vaut mécaniquement moins.
Quand faut-il passer en SEL ?
Lorsque le revenu dépasse durablement le besoin personnel et qu’il devient utile de conserver du résultat dans la structure, lorsqu’une association est envisagée, ou lorsqu’un financement d’acquisition doit être porté par une société. Le calcul intègre le coût social du dirigeant, le régime BNC des rémunérations d’associé et le coût de sortie à la cession.
Autres secteurs
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Mise à jour le 18 septembre 2026.
