Myne est un cabinet d’expertise comptable et de commissariat aux comptes installé à Paris 17e. Nous accompagnons des professionnels de santé libéraux, en exercice individuel comme en société. Deux changements récents ont modifié en profondeur la fiscalité de ces dossiers et n’ont pas encore été répercutés partout : la rémunération des associés de SEL relève désormais des BNC et non plus des traitements et salaires, et la majoration de 25 % des non-adhérents à un organisme de gestion agréé a été supprimée. Les deux modifient l’arbitrage de structure.
Les défis comptables, fiscaux et sociaux du professionnel de santé
Une comptabilité de trésorerie, et ce qu’elle cache
Le professionnel libéral relève des bénéfices non commerciaux et tient, par défaut, une comptabilité de recettes et dépenses : l’honoraire est un produit lorsqu’il est encaissé, la charge une dépense lorsqu’elle est payée. Ce principe simple a une conséquence que peu de praticiens mesurent : le résultat fiscal dépend du calendrier d’encaissement des caisses et des mutuelles autant que de l’activité réelle.
Deux effets en découlent. Les délais de télétransmission et les rejets déplacent du résultat d’un exercice à l’autre : un décembre chargé encaissé en janvier allège l’année en cours et alourdit la suivante. Et une option pour la comptabilité d’engagement est possible : elle rapproche le résultat de l’activité, mais elle change la base de la première année et se décide sur un chiffrage. Notre article sur la comptabilité d’engagement en BNC montre sur un cas simple les deux lectures opposées d’une même recette, et rappelle les conditions et le délai de l’option.
La rémunération des associés de SEL est passée en BNC
C’est le changement le plus structurant de ces dernières années pour les praticiens en société d’exercice libéral. Les rémunérations perçues par un associé de SEL au titre de son activité libérale relèvent désormais des bénéfices non commerciaux, et non plus des traitements et salaires. Seules les sommes correspondant à des fonctions de gérance nettement séparables restent imposées en traitements et salaires.
Les conséquences sont concrètes et souvent découvertes après coup : l’abattement de 10 % disparaît au profit des frais réels, une déclaration 2035 doit être tenue au niveau de l’associé, et la question du rattachement des charges (cotisations, véhicule, formation) se pose entre la société et l’associé. Un praticien en SEL qui déclare encore en traitements et salaires prend un risque, et il perd probablement de la déduction.
L’exonération de TVA, et les actes qui en sortent
Les soins dispensés aux personnes par les membres des professions médicales et paramédicales réglementées sont exonérés de TVA. L’exonération n’est ni générale ni définitive : elle couvre les actes à finalité thérapeutique. En sortent notamment les actes de médecine et de chirurgie esthétique non pris en charge par l’assurance maladie, les expertises, certaines activités de formation et la location de matériel.
Le seuil d’attention est double. Ces recettes taxables peuvent rendre le praticien redevable de la TVA sur une partie de son activité, avec les obligations déclaratives correspondantes. Et lorsqu’il exerce au sein d’une société civile de moyens, elles menacent l’exonération des services rendus par le groupement dès lors qu’elles atteignent 20 % de ses recettes totales : un sujet détaillé sur notre page centre de santé et maison de santé.
La suppression de la majoration de 25 %
Pendant des décennies, un professionnel libéral non adhérent à un organisme de gestion agréé voyait son bénéfice majoré de 25 % pour le calcul de l’impôt. Cette majoration a été supprimée. L’adhésion à un OGA conserve un intérêt (accompagnement, examen de cohérence, réduction d’impôt pour frais de comptabilité dans certaines situations) mais elle n’est plus une évidence économique : elle se décide désormais sur ce qu’elle apporte réellement, pas sur une pénalité évitée.
Notre accompagnement à chaque étape de votre carrière
Installation : s’installer, s’associer, reprendre
Reprise de patientèle ou création
Le prix d’une patientèle se justifie par sa transférabilité réelle : ancienneté, âge moyen, part de la patientèle liée à la personne du praticien, accompagnement du cédant. Le financement, l’amortissement éventuel et le traitement fiscal de l’acquisition se chiffrent avant l’acte.
Choix du mode d’exercice
Exercice individuel, société d’exercice libéral, société civile professionnelle, collaboration libérale ou remplacement : chaque forme a son régime social, sa fiscalité et ses contraintes de sortie. La contrainte de sortie est celle qu’on regarde le moins à l’entrée et qui pèse le plus au moment de céder.
Contrat de collaboration : redevance ou rétrocession
La distinction est fiscale autant que juridique. Le collaborateur perçoit des honoraires rétrocédés et verse une redevance de collaboration au titulaire : chacun déclare ses propres recettes, et la redevance est une charge déductible pour l’un, une recette pour l’autre. Un contrat mal rédigé, où le titulaire encaisse tout et reverse un net, crée une confusion qui se paie en contrôle et peut faire glisser la relation vers le salariat.
Zones d’installation et exonérations
L’installation dans certaines zones ouvre des exonérations temporaires d’impôt sur les bénéfices et, sur délibération, de fiscalité locale. Le zonage a été refondu (les zones de revitalisation rurale ont laissé place au dispositif France Ruralités Revitalisation), et l’éligibilité se vérifie commune par commune, à la date d’installation.
Quotidien : recettes, charges et déclarations
Tenue et déclaration 2035
Le suivi des honoraires se fait par mode d’encaissement, puis se rapproche des relevés SNIR et des retours de télétransmission : c’est ce rapprochement qui fait apparaître les actes rejetés et non représentés. S’y ajoutent le registre des immobilisations et la déclaration de résultat.
Charges déductibles : ce qui passe et ce qui ne passe pas
Cotisations obligatoires et facultatives, local professionnel, véhicule, matériel, formation, cotisations ordinales, assurance de responsabilité civile professionnelle. Les zones grises récurrentes sont le local mixte, le véhicule et les frais de repas. Chacune se règle sur un critère différent : le véhicule sur le kilométrage professionnel et le mode de financement, le local mixte sur la surface effectivement affectée aux soins, les frais de repas sur un barème annuel assorti d’une règle de justificatifs.
Trésorerie et prélèvements
Cotisations provisionnelles régularisées avec un an de décalage, acomptes d’impôt, échéances de retraite : la trésorerie d’un libéral se pilote sur un calendrier, pas sur un solde bancaire. Notre modèle de plan de trésorerie permet de poser ces échéances mois par mois, y compris la régularisation de cotisations qui tombe avec un exercice de retard.
Employer un salarié
Employer un secrétariat, un assistant ou un apprenti suppose de fixer le rattachement conventionnel, d’établir le contrat et de tenir les déclarations qui suivent chaque entrée et chaque sortie. Notre mission d’externalisation de la paie décrit le circuit des variables et ce que l’employeur doit rester en mesure de vérifier lui-même.
Optimisation : structure, protection et prévoyance
Passer en société : le calcul réel
Le passage en SEL ne se juge pas sur le seul taux d’impôt. Il faut intégrer le coût social du dirigeant, le nouveau régime BNC des rémunérations d’associé, la capacité à conserver du résultat dans la société, et le coût de sortie le jour de la cession. Notre simulateur dividendes ou salaire chiffre le troisième de ces paramètres, celui du prélèvement du dirigeant ; les trois autres se traitent dossier par dossier, la SEL ayant ses propres règles de rémunération des associés.
Interposer une société de participations financières
Une SPFPL permet de détenir des titres de SEL, de financer une acquisition en faisant remonter les dividendes sous le régime des sociétés mères et d’organiser une transmission progressive, dans les limites de détention propres aux professions réglementées.
Retraite et prévoyance
Le régime de base et les régimes complémentaires diffèrent selon la profession, et les contrats facultatifs relevant du dispositif Madelin ont leur propre plafond de déduction. L’arbitrage entre rémunération, dividendes et effort de prévoyance se refait chaque année.
Indemnités journalières et arrêt de travail
La couverture obligatoire des libéraux reste limitée et comporte des délais de carence. Le calcul du besoin de couverture complémentaire se fait sur les charges fixes du cabinet, pas sur le revenu net. Notre article sur les indemnités journalières d’un libéral détaille ce qui est versé avant et après le quatre-vingt-dixième jour d’arrêt, et donc la période qui reste entièrement à votre charge.
Association, cession et transmission
Faire entrer un associé
Faire entrer un associé suppose de trancher ensemble la valorisation des parts, le sort de la patientèle constituée à titre personnel, les clés de répartition du résultat et le fonctionnement des comptes courants. Ces règles se rédigent à l’entrée, pas au moment où l’un des associés veut sortir.
Céder son cabinet
La cession porte selon les cas sur une patientèle, des parts de société ou un droit de présentation. Le régime des plus-values professionnelles comporte plusieurs dispositifs d’exonération liés aux recettes, à la valeur cédée ou au départ en retraite : ils se préparent deux exercices à l’avance, pas au moment de l’acte.
Les outils connectés à votre cabinet
Logiciel de gestion, télétransmission et comptabilité
Les honoraires naissent dans le logiciel de cabinet et dans les retours de télétransmission, pas dans le journal comptable. Nous branchons la chaîne sur Pennylane, avec Qonto côté flux, et un suivi des rejets qui est le premier outil de trésorerie d’un cabinet.
Facturation électronique et professionnels exonérés de TVA
Depuis le 1er septembre 2026, toute entreprise assujettie doit pouvoir recevoir une facture électronique ; l’émission s’impose aux PME et microentreprises au 1er septembre 2027. Un praticien dont l’activité est intégralement exonérée n’est pas dans le champ, mais une activité accessoire taxable change la réponse. Notre page sur la facturation électronique sans TVA traite ce cas de l’activité partiellement taxable, où deux régimes coexistent dans la même structure ; celle consacrée aux professions libérales ajoute la matrice par type de clientèle et l’effet de la TVA sur encaissements sur le calendrier des transmissions.
Ce qui distingue votre exercice des autres professions de santé
Toutes les professions de santé partagent le BNC et l’exonération de TVA sur les soins, mais quatre situations changent assez la mécanique comptable pour être traitées à part.
Quand l’exercice suppose un plateau technique, la question devient la redevance versée pour son utilisation et le partage du forfait technique entre l’exploitant de l’appareil et le praticien qui interprète : c’est le sujet de nos pages radiologue et imagerie médicale, cette dernière traitant aussi la TVA non déductible et la taxe sur les salaires qui en découle.
Quand une partie du revenu vient de la vente d’un dispositif — prothèse, orthèse, appareillage — le cabinet devient partiellement commerçant : il porte un stock, une marge et parfois une TVA. Voir nos pages chirurgien-dentiste, pédicure-podologue et audioprothésiste.
Quand la profession n’est pas conventionnée ou que le soin voisine avec du conseil, la frontière de l’exonération de TVA se déplace et doit être tracée acte par acte : voir ostéopathe, psychologue et diététicien.
Enfin, l’exercice collectif obéit à d’autres règles que l’exercice individuel : partage des honoraires, financements publics affectés, comptes à rendre à un financeur. Nos pages centre et maison de santé, clinique privée et secteur sanitaire et social traitent ces trois formes.
Si votre structure doit désigner un commissaire aux comptes
Une société d’exercice libéral, un cabinet de groupe constitué en société ou une société de participations financières de professions libérales peut franchir les seuils légaux et devoir désigner un commissaire aux comptes. Ce sont les structures qui réunissent plusieurs praticiens, des salariés et un plateau technique qui sont concernées, très rarement un exercice individuel.
Un point mérite d’être dit clairement : ce ne peut pas être le cabinet qui tient votre comptabilité. L’expertise comptable et le commissariat aux comptes ne se cumulent pas sur une même structure, l’indépendance du commissaire l’interdisant : Myne exerce les deux métiers, mais jamais pour la même entité.
Concrètement : si nous tenons vos comptes, nous vous aidons à préparer la désignation et l’intervention d’un confrère, et nous produisons les états et justificatifs qu’il demandera ; si vous nous confiez la mission légale, votre comptabilité reste tenue par ailleurs. Notre page sur la mission du commissaire aux comptes précise quand la désignation devient obligatoire et comment elle se déroule.
L’apport d’une patientèle ou d’un équipement à une société d’exercice relève d’une autre logique : il fait intervenir un commissaire aux apports, mission ponctuelle et distincte, qui évalue l’apport au moment de la constitution ou de l’augmentation de capital.
FAQ : les questions fréquentes des professionnels de santé
Quel est le tarif d’un expert-comptable pour un professionnel de santé ?
Il dépend du régime (micro-BNC ou déclaration contrôlée), du mode d’exercice, du nombre de structures à tenir et de la présence de salariés. Un praticien seul en déclaration contrôlée relève d’un forfait léger ; un associé de SEL avec SPFPL et SCI relève d’une mission à plusieurs volets. Notre page tarifs explique comment ces volets doivent apparaître séparément dans un devis, et le simulateur d’accompagnement permet de situer votre besoin avant le premier échange.
La rémunération d’un associé de SEL est-elle un salaire ?
Non, plus depuis la réforme : les rémunérations perçues au titre de l’activité libérale relèvent des bénéfices non commerciaux. Seules les sommes correspondant à des fonctions de gérance nettement séparables restent imposées en traitements et salaires. Concrètement, l’abattement de 10 % laisse place aux frais réels et une déclaration de résultat doit être tenue au niveau de l’associé.
Faut-il encore adhérer à un organisme de gestion agréé ?
Ce n’est plus une nécessité fiscale : la majoration de 25 % du bénéfice des non-adhérents a été supprimée. L’adhésion garde un intérêt d’accompagnement et d’examen de cohérence, mais elle se décide désormais sur ce qu’elle apporte, pas sur une pénalité à éviter.
Mes honoraires sont-ils soumis à la TVA ?
Les soins dispensés aux personnes par les professions médicales et paramédicales réglementées sont exonérés, à condition d’avoir une finalité thérapeutique. Les actes esthétiques non pris en charge, les expertises et certaines formations en sortent et deviennent taxables : avec les obligations déclaratives correspondantes.
Quelle différence entre rétrocession d’honoraires et redevance de collaboration ?
La rétrocession est la part d’honoraires que le titulaire reverse au collaborateur pour les actes que celui-ci a réalisés ; la redevance est ce que le collaborateur verse au titulaire pour l’usage du cabinet et de ses moyens. Chacun déclare ses propres recettes et ses propres charges. Un montage où le titulaire encaisse tout et reverse un net brouille cette séparation et fragilise le caractère libéral de la collaboration.
Faut-il opter pour la comptabilité d’engagement ?
Elle rapproche le résultat de l’activité réelle et neutralise l’effet des délais d’encaissement des caisses et des mutuelles, ce qui rend les comparaisons annuelles exploitables. En contrepartie, l’année de passage supporte un retraitement, et l’option engage. Elle se décide sur un chiffrage, pas par principe.
Puis-je déduire une partie de mon logement ?
Oui, dans la mesure de l’usage professionnel réel et documenté : surface dédiée, quote-part de loyer, de charges et d’assurance. La déduction suppose un usage effectif et vérifiable, et non une simple affectation déclarative.
Quelles exonérations pour une installation en zone ?
Certaines zones ouvrent une exonération temporaire d’impôt sur les bénéfices et, sur délibération des collectivités, de fiscalité locale. Le zonage a été refondu, les zones de revitalisation rurale ayant laissé place au dispositif France Ruralités Revitalisation. L’éligibilité se vérifie commune par commune et à la date d’installation, jamais sur une carte ancienne.
Comment se valorise une patientèle ?
Sur sa transférabilité réelle plutôt que sur un pourcentage d’honoraires : ancienneté et régularité de la patientèle, part liée à la personne du praticien, accompagnement prévu par le cédant, emplacement et bail. Une patientèle très dépendante du praticien sortant vaut mécaniquement moins.
Quand faut-il passer en SEL ?
Lorsque le revenu dépasse durablement le besoin personnel et qu’il devient utile de conserver du résultat dans la structure, lorsqu’une association est envisagée, ou lorsqu’un financement d’acquisition doit être porté par une société. Le calcul intègre le coût social du dirigeant, le régime BNC des rémunérations d’associé et le coût de sortie à la cession.
Que couvrent mes indemnités journalières en cas d’arrêt ?
La couverture obligatoire des libéraux reste limitée et comporte des délais de carence variables selon la caisse. Le besoin de complémentaire se calcule sur les charges fixes du cabinet (loyer, salaires, emprunts, cotisations) qui continuent de courir pendant l’arrêt, et non sur le revenu net habituel.
Sources officielles
- CGI, article 261, 4-1° et BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-10 : exonération des soins dispensés par les professions médicales et paramédicales.
- BOI-RSA-GER-10-30 et BOI-BNC-CHAMP-10-10-20-20 : régime d’imposition des rémunérations des associés de sociétés d’exercice libéral.
- CGI, article 158, 7 : suppression de la majoration applicable aux non-adhérents d’un organisme de gestion agréé.
- CGI, article 93 A : option pour la détermination du bénéfice d’après les créances acquises et les dépenses engagées.
- CGI, articles 44 quindecies A et suivants : dispositif France Ruralités Revitalisation.
- CGI, articles 151 septies, 238 quindecies et 151 septies A : exonérations de plus-values professionnelles.
- Loi n° 90-1258 du 31 décembre 1990 : sociétés d’exercice libéral et sociétés de participations financières de professions libérales.
Mise à jour le 5 septembre 2026.
Parler de votre cabinet avec Myne
Votre dernière déclaration de résultat, votre contrat de collaboration ou vos statuts de SEL suffisent à dire si votre mode de déclaration est le bon et ce que le passage en société changerait réellement. Écrivez-nous.
