Myne est un cabinet d’expertise comptable et de commissariat aux comptes installé à Paris 17e. Nous suivons des établissements de santé privés : cliniques chirurgicales, établissements de soins de suite, structures d’hospitalisation à temps partiel. Votre chiffre d’affaires n’est pas facturé, il est codé : il dépend d’une classification de séjours dont l’exactitude conditionne la recette, et d’un flux d’honoraires qui ne vous appartient pas mais transite par vos comptes.
Les défis comptables, fiscaux et sociaux propres à l’établissement de santé privé
La recette dépend du codage, pas de la facture
Sous tarification à l’activité, chaque séjour est classé dans un groupe homogène de séjours à partir des informations médicalisées produites par l’établissement : diagnostic principal, diagnostics associés, actes réalisés, durée de séjour. Le tarif du séjour découle de ce classement.
Une conséquence pratique domine toutes les autres : un défaut d’exhaustivité du codage est une perte de recette définitive, et un codage inexact est un risque de récupération d’indus lors d’un contrôle. Le service d’information médicale n’est donc pas une fonction support mais le premier maillon du chiffre d’affaires. Nous rapprochons systématiquement l’activité déclarée, la valorisation attendue et les règlements reçus, à un rythme mensuel : c’est ce qui permet de détecter un écart avant qu’il ne se cristallise.
Les honoraires des praticiens ne sont pas votre chiffre d’affaires
Les praticiens libéraux exerçant dans l’établissement perçoivent leurs propres honoraires. Lorsque l’établissement les encaisse pour leur compte, ces sommes sont des fonds de tiers et non des produits : les inscrire en chiffre d’affaires gonfle artificiellement le volume et fausse tous les ratios.
Ce qui constitue votre produit, c’est la redevance versée par les praticiens en contrepartie de la mise à disposition des moyens : bloc, personnel, stérilisation, secrétariat. Son mode de calcul doit être fixé par contrat, actualisé, et rapproché du coût réel des moyens mis à disposition : faute de quoi l’établissement finance silencieusement l’activité libérale.
Exonération de TVA, activités annexes et taxe sur les salaires
Les prestations de soins et l’hospitalisation sont exonérées de TVA. Certaines activités annexes ne le sont pas : mise à disposition de moyens de communication, prestations rendues à des tiers, locations non liées au soin. Il en résulte un assujettissement partiel, un droit à déduction limité et une sectorisation à organiser.
Symétriquement, l’établissement est redevable de la taxe sur les salaires sur la part de rémunérations correspondant aux recettes n’ouvrant pas droit à déduction. Dans une structure à forte masse salariale (infirmiers, aides-soignants, brancardiers, administratif), cette taxe pèse lourd et se pilote avec le rapport d’assujettissement, réexaminé chaque année.
Autorisations, CPOM et investissements longs
Les activités de soins et les équipements lourds sont soumis à autorisation de l’agence régionale de santé, accordée pour une durée déterminée, et l’établissement est lié par un contrat pluriannuel d’objectifs et de moyens. Ces horizons contractuels commandent la durée d’amortissement défendable des investissements et le calendrier de renouvellement. Amortir un bloc sur une durée sans rapport avec l’échéance d’autorisation produit une valeur nette comptable inexploitable.
Notre accompagnement à chaque étape de la vie de l’établissement
Création, reprise ou extension
Auditer un établissement avant acquisition
Nous retraitons les comptes, testons la qualité du codage et son exhaustivité, examinons les conventions de redevance, l’échéance des autorisations, l’état des immobilisations et la structure de financement. Un établissement peut afficher une rentabilité correcte tout en portant un déficit de codage récurrent.
Architecture de détention
Exploitation, immobilier et éventuelles filiales de services : nous arbitrons l’ensemble, y compris la détention des murs via une société civile ou une société de tête.
Quotidien : recettes, coûts et personnel
Rapprochement activité-valorisation-encaissement
Nous rapprochons chaque mois l’activité déclarée, la valorisation attendue et les sommes reçues, et suivons les rejets de facturation ainsi que les indus notifiés.
Comptabilité analytique par pôle
Coût par séjour, coût d’occupation d’une salle de bloc, coût d’une journée d’hospitalisation : l’analytique par activité est la condition d’un arbitrage sur les spécialités à développer ou à fermer.
Paie et taxe sur les salaires
Notre mission de paie traite les personnels soignants et administratifs, les astreintes et les remplacements, et intègre la taxe sur les salaires au coût employeur réel.
Flux avec les praticiens
Fonds encaissés pour compte de tiers et redevances sont suivis séparément, avec justification des soldes praticien par praticien.
Optimisation : capacité, sectorisation, investissement
Piloter l’occupation du bloc
Le taux d’occupation des salles et la durée moyenne de séjour sont les deux leviers de rentabilité les plus directs. Nous les rapportons au coût complet de la capacité, taxe sur les salaires comprise.
Sectoriser les activités taxables
Le développement d’activités soumises à la TVA modifie le droit à déduction et le rapport d’assujettissement de la taxe sur les salaires. L’arbitrage se fait sur les deux impôts ensemble.
Programmer les investissements sur l’horizon des autorisations
Nous construisons un plan pluriannuel qui aligne renouvellement d’équipements, échéance d’autorisation et capacité d’autofinancement.
Regroupement, cession ou restructuration
Rapprochements et cessions
Nous conduisons la valorisation, traitons les engagements sociaux repris et sécurisons le volet fiscal des opérations de restructuration.
Les outils connectés à votre établissement
Système d’information hospitalier, banque et comptabilité
Nous connectons le système d’information, la facturation et les comptes bancaires à la comptabilité, avec un rapprochement automatisé des règlements de l’assurance maladie et des complémentaires.
Facturation électronique
Un établissement partiellement assujetti entre pleinement dans le dispositif : réception obligatoire depuis le 1er septembre 2026, émission au 1er septembre 2027 pour les PME et microentreprises. Notre page sur la facturation électronique sans TVA traite le cas d’une même structure portant deux régimes, celui des opérations exonérées et celui des activités annexes taxables.
Si votre structure ne relève pas de la tarification à l’activité
Trois structures voisines fonctionnent sur une autre mécanique de recette. Dans un établissement d’hébergement pour personnes âgées, le produit ne résulte pas du classement d’un séjour mais d’une tarification ternaire, et le pilotage se fait d’abord sur le taux d’occupation : c’est le sujet de notre page EHPAD.
Un organisme non lucratif du secteur sanitaire et social relève d’un cadre budgétaire différent : état prévisionnel des recettes et des dépenses, contrat pluriannuel d’objectifs et de moyens, et conséquences fiscales de la non-lucrativité. Notre page secteur sanitaire et social traite ces trois points.
Enfin, l’exercice coordonné en centre ou en maison de santé ne repose pas sur une redevance versée par des praticiens libéraux mais sur une organisation collective, dont la société interprofessionnelle de soins ambulatoires est l’outil. Notre page centre de santé et maison de santé en expose les conséquences comptables, fiscales et juridiques.
Si votre établissement doit désigner un commissaire aux comptes
Une clinique exploitée en société franchit les seuils légaux dès qu’elle atteint une taille d’exploitation courante dans le secteur : plateau technique au bilan, effectif salarié, chiffre d’affaires d’activité. La désignation d’un commissaire aux comptes est alors obligatoire, et elle l’est aussi pour la société qui regroupe plusieurs établissements.
Un point mérite d’être dit clairement : ce ne peut pas être le cabinet qui tient votre comptabilité. L’expertise comptable et le commissariat aux comptes ne se cumulent pas sur une même structure, l’indépendance du commissaire l’interdisant : Myne exerce les deux métiers, mais jamais pour la même entité.
Concrètement : si nous tenons vos comptes, nous vous aidons à préparer la désignation et l’intervention d’un confrère, et nous produisons les états et justificatifs qu’il demandera ; si vous nous confiez la mission légale, votre comptabilité reste tenue par ailleurs. Notre page sur la mission du commissaire aux comptes précise quand la désignation devient obligatoire et comment elle se déroule.
Le rapprochement de deux établissements ou l’apport d’une activité à une structure commune relèvent de missions distinctes : commissaire à la fusion ou commissaire aux apports, désignés pour l’opération.
FAQ : les questions fréquentes des établissements de santé privés
Quel est le tarif d’un expert-comptable pour une clinique privée ?
Il dépend du nombre de lits et de sites, de l’effectif, du nombre d’entités du groupe et du niveau d’analytique attendu. Nous chiffrons après avoir vu les liasses, l’organigramme et une paie type.
Comment est déterminée la recette d’un séjour ?
Par le classement du séjour dans un groupe homogène, à partir des informations médicalisées produites : diagnostics, actes et durée. Le tarif découle du classement, pas d’une facturation libre.
Les honoraires des praticiens entrent-ils dans le chiffre d’affaires de la clinique ?
Non lorsqu’ils sont encaissés pour leur compte : ce sont des fonds de tiers. Seule la redevance perçue en contrepartie de la mise à disposition des moyens constitue un produit de l’établissement.
Comment fixer la redevance due par les praticiens ?
Par contrat, sur une base rapprochée du coût réel des moyens mis à disposition : bloc, personnel, stérilisation, secrétariat. Une redevance figée depuis plusieurs années finit par faire supporter à l’établissement une part de l’activité libérale.
Une clinique récupère-t-elle la TVA sur ses investissements ?
Seulement à proportion des opérations ouvrant droit à déduction. Les soins étant exonérés, le droit à déduction est limité et doit être calculé dépense par dépense, avec sectorisation des activités annexes taxables.
Une clinique doit-elle la taxe sur les salaires ?
Oui sur la part de rémunérations correspondant aux recettes n’ouvrant pas droit à déduction. Avec une masse salariale dominante, c’est une charge structurelle à provisionner mensuellement.
Sur quelle durée amortir un bloc opératoire ?
Sur la durée d’utilisation réellement attendue, en tenant compte de l’échéance des autorisations d’activité et du rythme de renouvellement technologique, et non d’une durée forfaitaire.
Que se passe-t-il en cas de contrôle du codage ?
Un codage inexact peut donner lieu à récupération d’indus. Un codage incomplet, lui, ne se rattrape pas : la recette est définitivement perdue. Le contrôle interne du codage a donc un rendement dans les deux sens.
Quels indicateurs suivre dans une clinique ?
Le taux d’occupation des salles de bloc, la durée moyenne de séjour par spécialité, le coût complet par séjour, le taux de rejet de facturation, le délai d’encaissement et le poids de la taxe sur les salaires.
Comment valoriser un établissement de santé privé ?
Sur la rentabilité normative, l’échéance et la solidité des autorisations, l’état des immobilisations, la structure de la redevance praticiens et la qualité du codage, qui conditionne la recette future.
Sources officielles
- Code de la sécurité sociale, articles L. 162-22-6 et suivants : tarification à l’activité des établissements de santé.
- Code de la santé publique, articles L. 6113-7 et L. 6113-8 : traitement des informations médicalisées et transmission des données d’activité.
- Code de la santé publique, articles L. 6122-1 et suivants : autorisations d’activités de soins et d’équipements matériels lourds.
- Code de la santé publique, article L. 6114-1 : contrats pluriannuels d’objectifs et de moyens.
- CGI, article 261, 4, 1° bis : exonération de TVA des frais d’hospitalisation et de traitement.
- CGI, article 231 : taxe sur les salaires et rapport d’assujettissement.
- Article 91 de la loi de finances pour 2024 : calendrier de la facturation électronique.
Mise à jour le 6 septembre 2026.
Parler de votre établissement avec Myne
Vos liasses, un état d’activité et vos conventions de redevance suffisent à dire si votre codage est valorisé à hauteur de votre activité réelle, ce que vous coûte la taxe sur les salaires et où se situe votre marge par spécialité. Écrivez-nous.
