Myne est un cabinet d’expertise comptable et de commissariat aux comptes installé à Paris 17e. Nous suivons des laboratoires de biologie médicale : sociétés d’exercice libéral multi-sites, plateaux techniques et structures de coopération. Votre activité combine une contrainte que peu de secteurs connaissent (l’accréditation obligatoire de la totalité des examens) et une recette dont le prix baisse par accord pluriannuel. Le pilotage porte donc entièrement sur le coût, jamais sur le tarif.
Les défis comptables, fiscaux et sociaux propres à la biologie médicale
Une recette encadrée, révisée à la baisse par accord pluriannuel
Les examens sont cotés à la nomenclature des actes de biologie médicale, en coefficients affectés d’une valeur de lettre-clé. L’évolution des dépenses fait l’objet d’un accord pluriannuel entre la profession et l’assurance maladie, qui fixe une trajectoire de dépenses et déclenche des baisses tarifaires lorsqu’elle est dépassée.
La conséquence est structurelle : une hausse de volume ne se traduit pas mécaniquement par une hausse de recette, puisqu’elle alimente le dépassement qui provoque la baisse suivante. Un budget de laboratoire se construit donc sur un tarif décroissant, et le pilotage porte sur le coût complet par B réalisé. Nous le calculons par site et par famille d’examens, automates, réactifs, personnel et logistique compris.
L’accréditation : une charge permanente, pas un projet
La biologie médicale française est soumise à une accréditation obligatoire portant sur la totalité des examens, selon une norme internationale, contrôlée par le comité français d’accréditation. Cela signifie un système qualité permanent : personnel dédié, contrôles internes et externes, vérification de méthodes, audits périodiques, documentation.
Comptablement, ces coûts sont des charges d’exploitation récurrentes et non un investissement amortissable, sauf pour les équipements. Les isoler dans un compte dédié permet de savoir ce que coûte réellement la conformité et de la comparer entre sites.
Exonération de TVA, donc taxe sur les salaires
Les examens de biologie médicale sont des actes de soins exonérés de TVA. Deux conséquences en découlent, symétriques et lourdes.
D’une part, la TVA supportée sur les automates, les réactifs, la maintenance et les véhicules de collecte n’est pas déductible : le coût réel est le coût toutes taxes comprises. D’autre part, une structure dont moins de 90 % du chiffre d’affaires est soumis à la TVA est redevable de la taxe sur les salaires : dans une activité à forte masse salariale (techniciens, secrétaires, préleveurs, coursiers), ce n’est pas un détail mais une ligne majeure, à calculer chaque année selon le rapport d’assujettissement.
Une organisation multi-sites qui doit rester traçable
Le modèle dominant associe un plateau technique à plusieurs sites pré-analytiques. Cette organisation crée des flux internes (transports, refacturations, mise à disposition de personnel) dont la documentation conditionne à la fois la déductibilité et la lisibilité des comptes par site. Sans analytique par site, il est impossible de savoir lequel finance les autres.
Depuis 2024, la rémunération en SEL est un BNC
Les rémunérations perçues par un biologiste associé de société d’exercice libéral au titre de son activité libérale relèvent des bénéfices non commerciaux. L’abattement de 10 % disparaît au profit des frais réels et l’associé tient une comptabilité propre : un point à reprendre dans toutes les SELAS de biologie constituées avant cette date.
Notre accompagnement à chaque étape de la vie du laboratoire
Installation, association ou rachat de sites
Auditer avant d’acquérir
Nous examinons le coût complet par B, l’âge et le mode de financement des automates, l’organisation de l’accréditation, le maillage des sites et leur contribution individuelle. Un réseau rentable peut porter deux sites structurellement déficitaires.
Architecture juridique
Société d’exercice, société de participations, structures de coopération et société civile pour les murs : nous arbitrons l’ensemble et constituons les structures.
Quotidien : coûts, flux et personnel
Analytique par site et par famille d’examens
Nous mettons en place une analytique qui rapporte les charges au volume de B réalisé, seule base d’arbitrage sur l’internalisation ou la sous-traitance d’une famille d’examens.
Automates : achat, location ou mise à disposition
Les contrats liant l’acquisition de réactifs à la mise à disposition d’un automate doivent être analysés dans leur substance : selon les cas, ils constituent une location financière à retraiter ou un simple contrat d’approvisionnement. Le traitement retenu change le bilan.
Paie et taxe sur les salaires
Notre mission de paie traite techniciens, préleveurs et secrétariat, et intègre la taxe sur les salaires au coût employeur réel.
Recouvrement et rejets
Les rejets de télétransmission et les impayés de complémentaires se traitent dans le mois : au-delà, une part devient irrécouvrable.
Optimisation : réseau, sous-traitance, investissement
Arbitrer entre réaliser et sous-traiter
Pour chaque famille d’examens, nous comparons le coût complet interne au tarif de sous-traitance, en tenant compte du délai de rendu et de l’impact sur l’accréditation.
Dimensionner le plateau
Un automate se juge sur son taux d’utilisation rapporté au coût complet, TVA non déductible incluse. C’est ce chiffre qui dit s’il faut mutualiser, remplacer ou renoncer.
Optimiser la logistique pré-analytique
Tournées de coursiers, délais d’acheminement et rupture de la chaîne du froid ont un coût direct et un coût qualité. Nous les rapportons au nombre de prélèvements collectés par tournée.
Regroupement, cession ou transmission
Valoriser et céder
Nous préparons la valorisation en tenant compte de la trajectoire tarifaire, de l’état du parc d’automates, de la solidité de l’accréditation et de la contribution réelle de chaque site.
Les outils connectés à votre laboratoire
SIL, banque et comptabilité
Nous connectons le système d’information du laboratoire et les comptes bancaires à la comptabilité, avec un rapprochement des règlements de l’assurance maladie et des complémentaires.
Facturation électronique
Une activité exonérée de TVA reste tenue de recevoir les factures électroniques depuis le 1er septembre 2026 ; l’émission concernera les PME et microentreprises au 1er septembre 2027. L’exonération ne dispense de rien sur ce point : notre page facturation électronique sans TVA explique ce que recouvrent exactement les termes assujetti, redevable et exonéré, et ce qui reste vrai quel que soit le régime.
Si votre structure n’est pas seulement un laboratoire
Un plateau d’imagerie pose les deux mêmes questions qu’un laboratoire : des recettes exonérées de TVA, donc une taxe sur les salaires à supporter et une TVA non récupérable sur des équipements coûteux. Si votre groupe en exploite un, notre page imagerie médicale traite ces deux règles et ce qu’elles font à la rentabilité du plateau.
L’exercice au sein d’un établissement de santé privé suit en revanche une autre logique de recette : un financement à l’activité, un codage qui le conditionne, et des redevances entre l’établissement et les praticiens. C’est le sujet de notre page clinique privée.
Si votre société doit désigner un commissaire aux comptes
Une société d’exercice libéral de biologie médicale multi-sites cumule un plateau technique au bilan, des dizaines de salariés et un chiffre d’affaires conventionné : les seuils légaux sont franchis, et la désignation d’un commissaire aux comptes est obligatoire. Un site unique en structure de coopération l’est plus rarement.
Un point mérite d’être dit clairement : ce ne peut pas être le cabinet qui tient votre comptabilité. L’expertise comptable et le commissariat aux comptes ne se cumulent pas sur une même structure, l’indépendance du commissaire l’interdisant : Myne exerce les deux métiers, mais jamais pour la même entité.
Concrètement : si nous tenons vos comptes, nous vous aidons à préparer la désignation et l’intervention d’un confrère, et nous produisons les états et justificatifs qu’il demandera ; si vous nous confiez la mission légale, votre comptabilité reste tenue par ailleurs. Notre page sur la mission du commissaire aux comptes précise quand la désignation devient obligatoire et comment elle se déroule.
Les regroupements de laboratoires, très fréquents dans la profession, relèvent d’autres missions : commissaire à la fusion lorsque deux sociétés se rapprochent, commissaire aux apports lorsqu’un laboratoire est apporté à une structure existante.
FAQ : les questions fréquentes des biologistes
Quel est le tarif d’un expert-comptable pour un laboratoire d’analyses médicales ?
Il dépend du nombre de sites et de structures, de l’effectif et du niveau d’analytique souhaité. Un laboratoire mono-site se situe très en dessous d’un réseau à huit sites et deux plateaux. Nous chiffrons après avoir vu les liasses et l’organigramme du réseau.
Un laboratoire peut-il récupérer la TVA sur ses automates ?
Non lorsque l’activité est exclusivement constituée d’examens exonérés. La TVA fait partie du coût d’acquisition, comme pour les réactifs et la maintenance.
Un laboratoire doit-il la taxe sur les salaires ?
Oui dès lors que moins de 90 % de son chiffre d’affaires est soumis à la TVA, ce qui est le cas d’une activité d’examens exonérés. Avec une masse salariale importante, elle constitue une charge majeure à provisionner mensuellement.
Comment calculer le coût de revient d’un examen ?
En rapportant au volume de B réalisé l’ensemble des charges affectables : réactifs, amortissement et maintenance des automates, personnel technique, qualité, logistique et quote-part de structure. Le coût complet, taxes non déductibles comprises, est la base d’arbitrage à retenir.
L’accréditation est-elle obligatoire pour tous les examens ?
Oui : l’accréditation porte sur la totalité des examens de biologie médicale réalisés, et son maintien suppose un système qualité permanent, contrôlé périodiquement.
Comment comptabiliser un automate mis à disposition contre achat de réactifs ?
Selon la substance du contrat. S’il transfère les risques et avantages liés au bien, il s’analyse comme une location financière à retraiter ; s’il s’agit d’une simple mise à disposition liée à un engagement d’achat, l’automate reste hors bilan et l’avantage se rattache aux achats.
Pourquoi les tarifs de biologie baissent-ils quand les volumes augmentent ?
Parce qu’un accord pluriannuel fixe une trajectoire de dépenses et prévoit des baisses tarifaires en cas de dépassement. La croissance en volume finance donc en partie la baisse de tarif suivante.
Comment est imposée la rémunération d’un biologiste associé de SEL depuis 2024 ?
En bénéfices non commerciaux pour la part correspondant à l’activité libérale, avec frais réels au lieu de l’abattement de 10 %.
Quels indicateurs suivre dans un laboratoire ?
Le coût complet par B, le nombre de dossiers par technicien, le taux d’utilisation des automates, le coût de la qualité rapporté au chiffre d’affaires, le taux de rejet de facturation et la contribution nette de chaque site.
Comment valoriser un laboratoire de biologie médicale ?
Sur la rentabilité normative, en intégrant la trajectoire tarifaire décroissante, l’âge du parc d’automates, la solidité de l’accréditation et la contribution individuelle des sites.
Sources officielles
- Code de la santé publique, article L. 6221-1 : accréditation obligatoire des laboratoires de biologie médicale.
- Code de la sécurité sociale, article L. 162-1-7 : nomenclature des actes de biologie médicale.
- Code de la sécurité sociale, article L. 162-14-1 : accords pluriannuels de régulation des dépenses de biologie.
- CGI, article 261, 4, 1° : exonération de TVA des actes de soins.
- CGI, article 231 : taxe sur les salaires et rapport d’assujettissement.
- Doctrine BOI-BNC-DECLA : imposition en BNC des rémunérations d’associés de sociétés d’exercice libéral à compter de 2024.
- Article 91 de la loi de finances pour 2024 : calendrier de la facturation électronique.
Mise à jour le 6 septembre 2026.
Parler de votre laboratoire avec Myne
Vos liasses, l’état de votre parc d’automates et une paie type suffisent à établir votre coût complet par B, à chiffrer la taxe sur les salaires que vous supportez et à dire quels sites financent les autres. Écrivez-nous.
