En bref. Une start-up n’a pas de commissaire aux comptes par principe : elle doit en nommer un lorsqu’elle dépasse deux des trois seuils légaux (5 millions d’euros de bilan, 10 millions d’euros de chiffre d’affaires hors taxes, 50 salariés), lorsqu’elle est tête ou membre significatif d’un groupe, ou lorsque ses associés ou son pacte l’exigent. Mais elle rencontre le commissaire aux comptes bien avant, à l’occasion des opérations sur le capital : apports en nature, transformation en SAS, levée avec suppression du droit préférentiel de souscription, émission de BSPCE, acompte sur dividendes. Cet article distingue ce qui relève de la certification légale, des rapports ponctuels et de l’audit contractuel, et explique pourquoi le même cabinet ne peut pas être à la fois votre expert-comptable et votre commissaire aux comptes.
Mise à jour le 18 septembre 2026.
Quand une start-up doit-elle nommer un commissaire aux comptes ?
Les seuils applicables depuis 2024
Depuis le décret n° 2024-152 du 28 février 2024, la nomination est obligatoire pour les sociétés commerciales qui dépassent, à la clôture d’un exercice, deux des trois seuils suivants : 5 000 000 € de total de bilan, 10 000 000 € de chiffre d’affaires hors taxes, 50 salariés. Les seuils sont identiques pour la SAS, la SARL et la SA. Une start-up qui lève des fonds importants peut franchir le seuil de bilan bien avant celui du chiffre d’affaires : la trésorerie levée compte à l’actif.
Les groupes
Une société qui contrôle d’autres sociétés doit nommer un commissaire aux comptes lorsque l’ensemble qu’elle forme avec ses filiales dépasse les mêmes seuils ; les filiales significatives de cet ensemble (2 500 000 € de bilan, 5 000 000 € de chiffre d’affaires, 25 salariés, deux sur trois) en nomment un également. Une start-up qui crée une filiale à l’étranger ou une société de portage de sa propriété intellectuelle entre dans ce raisonnement plus tôt qu’elle ne le pense.
Les autres cas
La nomination peut aussi résulter d’une décision volontaire de l’assemblée, d’une clause du pacte d’associés exigée par un investisseur, ou d’une demande en justice d’associés représentant au moins le dixième du capital. Le mandat légal dure six exercices. Les sociétés qui nomment un commissaire volontairement ou en tant que filiale de petit groupe peuvent opter pour un mandat de trois exercices assorti de diligences allégées et d’un rapport sur les risques financiers, comptables et de gestion (audit légal des petites entreprises).
Ce que fait réellement le commissaire aux comptes
La mission de certification consiste à exprimer une opinion sur la régularité, la sincérité et l’image fidèle des comptes annuels, à l’issue d’un audit conduit selon les normes d’exercice professionnel homologuées, sous le contrôle de la Haute autorité de l’audit. Le commissaire vérifie aussi la concordance du rapport de gestion avec les comptes, établit un rapport spécial sur les conventions réglementées, déclenche la procédure d’alerte lorsqu’il relève des faits de nature à compromettre la continuité de l’exploitation et révèle au procureur de la République les faits délictueux dont il a connaissance.
Pour une start-up, les points d’attention reviennent d’un dossier à l’autre : la reconnaissance du chiffre d’affaires des abonnements et des contrats pluriannuels, l’activation ou non des dépenses de développement, la comptabilisation du crédit d’impôt recherche et des subventions, la valorisation des instruments dilutifs (BSA AIR, obligations convertibles), la continuité d’exploitation lorsque la piste de trésorerie est courte. Un commissaire aux comptes qui connaît ces sujets ne fait pas que signer : il oblige la société à documenter des positions que les investisseurs examineront.
Les interventions ponctuelles qu’une start-up rencontre même sans commissaire permanent
Apports en nature : le commissaire aux apports
Lorsqu’un associé apporte un bien autre que de l’argent (un logiciel, une marque, un fonds, une créance en compte courant convertie en capital), la valeur retenue doit en principe être appréciée par un commissaire aux apports désigné à l’unanimité des associés ou par le tribunal. En SARL et en SAS, les associés peuvent s’en dispenser à l’unanimité si aucun apport n’excède 30 000 € et si l’ensemble des apports non évalués ne dépasse pas la moitié du capital ; ils restent alors solidairement responsables de la valeur retenue envers les tiers pendant cinq ans. Notre page sur le commissariat aux apports détaille la procédure.
Transformation de SARL en SAS : le commissaire à la transformation
Beaucoup de start-up sont créées en SARL puis transformées en SAS avant un premier tour ou un premier plan de BSPCE (une SARL ne peut pas en émettre). La transformation d’une société qui n’a pas de commissaire aux comptes exige un rapport d’un commissaire à la transformation attestant que les capitaux propres sont au moins égaux au capital social et appréciant la valeur des biens composant l’actif et les avantages particuliers.
Levée de fonds avec suppression du droit préférentiel de souscription
Une augmentation de capital réservée à des investisseurs suppose de supprimer le droit préférentiel de souscription des associés existants. L’assemblée statue sur un rapport de l’organe de direction et, lorsque la société est dotée d’un commissaire aux comptes, sur son rapport spécial portant notamment sur le prix d’émission. Le calendrier de la levée doit intégrer ce délai : le rapport ne s’écrit pas la veille de l’assemblée. Le guide préparer une levée de fonds replace cette étape dans le déroulé complet.
BSPCE, BSA et actions gratuites
L’émission de bons de souscription de parts de créateur d’entreprise ou de bons de souscription d’actions est autorisée par l’assemblée générale extraordinaire sur rapport de l’organe de direction et, si la société en a un, sur rapport spécial du commissaire aux comptes. Les attributions gratuites d’actions donnent lieu à un rapport spécial annuel du commissaire aux comptes à l’assemblée. Notre article sur les BSPCE, BSA AIR et actions gratuites décrit les conditions et la fiscalité de ces instruments.
Acomptes sur dividendes
Une société qui veut distribuer un acompte sur dividendes avant l’approbation des comptes doit établir un bilan intermédiaire certifié par un commissaire aux comptes (article L. 232-12 du code de commerce), même lorsqu’elle n’en a pas de permanent. Le cas est rare en start-up, plus fréquent dans les sociétés de services rentables qui s’en inspirent.
Fusions, scissions et apports partiels d’actifs
Ces opérations appellent un commissaire à la fusion ou aux apports, sauf dispense décidée à l’unanimité des associés. Le rapprochement de deux start-up ou la filialisation d’une activité relèvent de ce cadre ; voir notre page sur le commissariat à la fusion.
Audit contractuel et due diligence : ce que le commissaire aux comptes ne fait pas
Une due diligence commandée par un investisseur, un audit d’acquisition, une revue de la reconnaissance du revenu avant un tour ou un examen limité de comptes intermédiaires sont des missions contractuelles : leur périmètre, leurs diligences et leurs livrables sont fixés par une lettre de mission, et elles ne débouchent pas sur une certification. Elles sont souvent confiées à un cabinet d’expertise comptable ou d’audit distinct du commissaire aux comptes de la société auditée. Présenter un rapport de due diligence comme des « comptes certifiés » est une erreur que les investisseurs relèvent immédiatement.
Pourquoi votre commissaire aux comptes ne peut pas être votre expert-comptable
Les règles d’indépendance interdisent au commissaire aux comptes de tenir, d’établir ou d’arrêter les comptes qu’il certifie, et plus largement de fournir à l’entité auditée des services qui le placeraient en situation d’auto-révision. Un cabinet qui tient votre comptabilité ne peut donc pas certifier vos comptes, et réciproquement. Myne exerce les deux métiers ; pour une même société, le cabinet est soit l’expert-comptable, soit le commissaire aux comptes, jamais les deux. Lorsque nous sommes votre expert-comptable, nous préparons le dossier de clôture pour que l’audit du commissaire que vous aurez choisi se déroule sans reprise ; lorsque nous sommes commissaire aux comptes, nous travaillons avec votre cabinet et votre équipe finance.
Ce que Myne prend en charge en tant que commissaire aux comptes de start-up
- Analyse des seuils et du périmètre de groupe pour déterminer si et quand une nomination s’impose, et sous quelle durée de mandat.
- Certification légale des comptes annuels et, le cas échéant, des comptes consolidés, avec un plan d’audit adapté aux sujets propres aux start-up (revenu, R&D, CIR, instruments dilutifs, continuité d’exploitation).
- Rapports liés aux opérations sur le capital : suppression du droit préférentiel de souscription, émission de BSPCE et de BSA, attributions gratuites d’actions, acomptes sur dividendes, conventions réglementées.
- Missions de commissaire aux apports, à la transformation ou à la fusion pour les sociétés dont nous ne sommes ni l’expert-comptable ni le commissaire aux comptes permanent.
Votre interlocuteur : Joachim Benchimol, expert-comptable et commissaire aux comptes, co-fondateur de Myne (Paris 17e). Première réponse sous 24 h ouvrées ; la mission est acceptée après vérification des règles d’indépendance. Décrire votre situation.
Questions fréquentes sur le commissaire aux comptes en start-up
Une levée de fonds oblige-t-elle à nommer un commissaire aux comptes ?
Non par elle-même. Elle peut faire franchir le seuil de bilan, et le pacte d’associés peut l’exiger ; par ailleurs la suppression du droit préférentiel de souscription requiert le rapport du commissaire lorsque la société en a un.
Combien de temps dure le mandat ?
Six exercices pour un mandat de droit commun ; trois exercices pour l’audit légal des petites entreprises ouvert aux nominations volontaires et aux filiales de petits groupes.
Peut-on choisir Myne comme commissaire aux comptes si Myne tient déjà nos comptes ?
Non. Les règles d’indépendance l’interdisent ; nous vous aidons alors à préparer l’audit d’un confrère.
Que se passe-t-il si la société repasse sous les seuils ?
Le mandat en cours va à son terme ; à son issue, la société n’est plus tenue de renouveler la nomination si elle ne dépasse plus deux des trois seuils, sauf obligation d’une autre nature.
Sources
- Code de commerce, dispositions relatives aux commissaires aux comptes (livre VIII, recodifié par l’ordonnance n° 2023-1142 du 6 décembre 2023) ; décret n° 2024-152 du 28 février 2024 relatif aux seuils de désignation.
- Code de commerce, articles L. 223-9 et L. 227-1 (dispense de commissaire aux apports), L. 224-3 (commissaire à la transformation), L. 225-135 (suppression du droit préférentiel de souscription), L. 225-197-1 et suivants (actions gratuites), L. 232-12 (acomptes sur dividendes).
- Code général des impôts, article 163 bis G ; BOFiP BOI-RSA-ES-20-40-20 (rapport spécial du commissaire aux comptes lors de l’émission de BSPCE).
