Comment une start-up peut-elle bénéficier du CIR et du CII en 2026 ?

Le CII finance la conception du prototype d’un nouveau produit ; le CIR, la recherche qui lève un verrou technique.

En bref. Une start-up peut bénéficier du crédit d’impôt recherche (CIR) dès sa première année, même sans bénéfice, à condition d’être imposée au réel et de mener des travaux qui lèvent une incertitude scientifique ou technique. En 2026, le CIR vaut 30 % des dépenses de recherche jusqu’à 100 millions d’euros. Le crédit d’impôt innovation (CII), réservé aux PME, vaut 20 % des dépenses de conception de prototypes de nouveaux produits, retenues dans la limite de 400 000 € par an. Une jeune PME n’a pas à attendre trois ans : elle peut demander le remboursement immédiat de sa créance. Les deux dispositifs figurent à l’article 244 quater B du code général des impôts.

Mise à jour le 8 octobre 2026. Taux et règles vérifiés sur la version de l’article 244 quater B du CGI en vigueur depuis le 1^er janvier 2026.

Une start-up peut-elle bénéficier du CIR et du CII ?

Oui, et l’âge de la société ne compte pas. Le texte vise les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles « imposées d’après leur bénéfice réel », ou exonérées au titre de certains régimes, dont celui de la jeune entreprise innovante. Une SAS créée il y a six mois et soumise à l’impôt sur les sociétés remplit cette première condition. Un micro-entrepreneur, lui, n’est pas au réel et reste en dehors.

Le CIR ne demande pas d’être bénéficiaire. Le crédit s’impute sur l’impôt quand il y en a ; sinon il devient une créance sur l’État, que les PME peuvent se faire rembourser tout de suite (voir plus bas).

Le CII ajoute une condition de taille : il est réservé aux micro, petites et moyennes entreprises au sens du droit européen. Une moyenne entreprise emploie moins de 250 personnes et réalise un chiffre d’affaires annuel d’au plus 50 millions d’euros, ou affiche un total de bilan d’au plus 43 millions d’euros. Une start-up qui dépasse ces seuils, par exemple après son entrée dans un groupe, perd le CII à compter de la deuxième année consécutive de dépassement.

Reste la condition qui écarte le plus de dossiers : la nature des travaux. Développer un produit ne suffit pas.

Recherche ou innovation : quel crédit pour quels travaux ?

Le CIR finance la recherche fondamentale, la recherche appliquée et le développement expérimental. Le fil conducteur est l’incertitude : au début du projet, l’équipe ne sait pas si l’objectif technique est atteignable avec les connaissances disponibles, et elle doit produire de la connaissance nouvelle pour le savoir. Adapter un modèle de langage à un domaine où il échoue, concevoir un algorithme de compression qui n’existe pas, mettre au point un matériau : ce sont des travaux de recherche s’ils partent d’un verrou que l’état de l’art ne résout pas.

Le CII finance l’étape d’après, plus proche du marché : la conception de prototypes ou d’installations pilotes d’un nouveau produit. La loi définit ce nouveau produit avec deux conditions cumulatives : il n’est pas encore disponible sur le marché, et il se distingue des produits existants par des performances supérieures sur le plan technique, de l’écoconception, de l’ergonomie ou des fonctionnalités.

Le cas du logiciel revient dans presque tous les dossiers de start-up. Service-public.fr l’illustre ainsi : une plateforme SaaS peut relever du CII si elle constitue un nouveau produit incorporel aux performances supérieures, mais une prestation de service innovante, une nouvelle organisation ou la simple évolution d’une offre existante n’en relèvent pas. Pour le CIR, la barre est plus haute : assembler des briques connues avec un bon niveau d’ingénierie n’est pas de la recherche, même si le résultat est nouveau pour le client. Les entreprises du numérique trouveront le détail de ces distinctions sur notre page consacrée aux ESN et éditeurs de logiciels.

Les deux crédits se cumulent dans la même société, à une condition : une dépense retenue pour le CIR ne peut pas l’être une seconde fois pour le CII. Une start-up qui fait de la recherche sur un algorithme puis conçoit le prototype du produit qui l’embarque peut déclarer chaque phase au titre du crédit qui lui correspond, sur le même formulaire.

Quelles dépenses entrent dans le calcul en 2026 ?

Le personnel de recherche, poste principal d’une start-up

Dans une jeune société, l’essentiel de l’assiette vient des salaires des chercheurs et techniciens de recherche « directement et exclusivement affectés » aux opérations. Le BOFiP retient le salaire, les congés payés, les primes, les avantages en nature et les cotisations sociales obligatoires, qu’il définit comme les cotisations patronales « versées par l’entreprise ». Un ingénieur qui partage son temps entre la recherche et la production n’est retenu qu’au prorata du temps réellement consacré à la recherche. L’administration précise que ce temps doit être établi « avec précision et rigueur », toute répartition forfaitaire étant exclue.

Deux situations fréquentes en start-up méritent attention. Les dirigeants, salariés ou non, peuvent être assimilés à des chercheurs s’ils participent personnellement aux travaux et si leur rémunération est déductible du résultat ; seule la part liée à la recherche compte, pas celle qui rémunère la direction de l’entreprise. Un président de SAS qui ne se verse rien n’apporte donc rien à l’assiette, même s’il code la moitié du produit. Les stagiaires peuvent, eux, être assimilés à des techniciens de recherche, et leur gratification compte alors comme une dépense de personnel. Pour estimer le coût complet d’un recrutement avant de le chiffrer dans un budget de recherche, notre simulateur du coût d’un salarié donne le montant des cotisations patronales.

Les autres dépenses retenues

• Les amortissements des immobilisations créées ou acquises neuves et affectées directement à la recherche, par exemple des serveurs de calcul.
• Le forfait de fonctionnement, égal à 40 % des dépenses de personnel et 75 % des amortissements. Il remplace les frais réels (loyers, fournitures, énergie) et n’a pas à être justifié poste par poste. Il s’applique au CIR, pas au CII.
• La sous-traitance à des organismes ou experts agréés par le ministère de la recherche. Elle est retenue dans la limite de trois fois les autres dépenses de recherche, et d’un plafond global de 2 millions d’euros par an, porté à 10 millions sans lien de dépendance avec le prestataire. Un prestataire sans agrément ne compte pas, même s’il fait de la vraie recherche.
• Les dépenses de normalisation, pour la moitié de leur montant.

Les opérations doivent être localisées dans l’Union européenne ou dans un État de l’Espace économique européen ayant signé avec la France une convention d’assistance administrative. Une équipe de développement installée hors de cette zone n’ouvre pas droit au crédit.

Ce qui est sorti de l’assiette en 2025

La loi de finances pour 2025 a réduit le CIR pour les dépenses exposées à compter du 15 février 2025. Le forfait de fonctionnement est passé de 43 % à 40 % des dépenses de personnel. Le régime de faveur des jeunes docteurs, dont le salaire comptait double pendant deux ans, a été supprimé. Les frais de brevets et de certificats d’obtention végétale ont quitté le CIR, comme les dépenses de veille technologique. Une start-up qui reprend sans le corriger le tableau de calcul de son exercice 2024 risque donc de surestimer son crédit de 2026.

Ce qui vient en déduction

Deux corrections réduisent l’assiette. Les subventions publiques reçues pour les opérations éligibles sont déduites, qu’elles soient définitivement acquises ou remboursables ; une avance remboursable reversée plus tard est rajoutée à la base de l’année du remboursement. Les honoraires d’un cabinet de conseil en CIR sont, eux, déduits en totalité s’ils sont calculés en pourcentage du crédit obtenu. S’ils sont fixés autrement, seule la part qui dépasse le plus élevé de deux montants est déduite : 15 000 € HT, ou 5 % des dépenses éligibles diminuées des subventions.

Quels taux et quels plafonds en 2026 ?

Pour une start-up en métropole, le CII rapporte donc au plus 80 000 € par an (20 % de 400 000 €). Le taux de 20 % s’applique aux dépenses exposées depuis le 1^er janvier 2025 ; il était de 30 % auparavant. La loi de finances pour 2026 n’a modifié ni les taux ni le plafond. Le CIR n’a pas de plafond de crédit : le passage à 5 % au-delà de 100 millions d’euros de dépenses ne concerne pas une start-up.

Exemple chiffré : le CIR d’une start-up SaaS de quatre personnes

Une SAS créée en 2024, détenue par ses fondateurs, développe un moteur de détection de fraude. En 2026, son verrou technique est documenté : aucune méthode publiée ne tient la latence visée sur ses volumes. Deux ingénieurs y travaillent à plein temps. Le cofondateur technique, président rémunéré, y consacre 40 % de son temps selon ses feuilles de temps. La société a acheté des serveurs de calcul neufs, confié un essai à un laboratoire agréé et reçu une aide publique pour ce projet. Les montants ci-dessous sont des hypothèses de calcul.

La société est en perte : elle ne doit pas d’impôt sur les sociétés au titre de 2026. Les 77 220 € deviennent une créance sur l’État dont elle peut demander le remboursement immédiat, parce qu’elle est une PME au sens européen et qu’elle a été créée depuis moins de cinq ans.

Supposons maintenant que le dossier ait été monté par un cabinet de conseil payé 15 % du crédit obtenu. Ces honoraires sont intégralement déduits de l’assiette, et le crédit tombe à 73 895 €, dont 11 084 € reversés au conseil : la start-up encaisse 62 811 € net. Avec des honoraires forfaitaires de 12 000 € HT, inférieurs au seuil de 15 000 € HT, l’assiette n’aurait pas bougé.

Exemple chiffré : le CII d’un prototype de dispositif connecté

Une start-up de santé connectée, petite entreprise au sens européen, conçoit en 2026 le prototype d’un capteur plus précis que ceux du marché. Un ingénieur produit y est affecté à plein temps (60 000 € chargés), l’outillage du prototype s’amortit pour 5 000 € sur l’année, et un bureau d’études agréé facture 25 000 € de conception. L’assiette est de 90 000 €, le CII de 18 000 €. Il n’y a pas de forfait de fonctionnement à ajouter : le CII ne le prévoit pas. Les dépenses de la phase de production du prototype, en revanche, n’entrent pas dans le calcul.

Quand la start-up encaisse-t-elle l’argent ?

Le crédit se calcule par année civile, quelle que soit la date de clôture de l’exercice. Une société qui clôt au 30 juin calcule toujours son CIR sur les dépenses du 1^er janvier au 31 décembre.

La déclaration passe par le formulaire n° 2069-A-SD, commun au CIR et au CII. Pour une société à l’impôt sur les sociétés, il se dépose avec le relevé de solde, au plus tard le 15 du quatrième mois qui suit la clôture de l’exercice. Le crédit s’impute d’abord sur l’impôt de l’année des dépenses. L’excédent devient une créance sur l’État, utilisable pour payer l’impôt des trois années suivantes ; la fraction non utilisée est remboursée au bout de ces trois ans.

Ce délai de trois ans ne s’applique pas à la plupart des start-up. L’article 199 ter B du CGI ouvre le remboursement immédiat à quatre catégories :

• les micro, petites et moyennes entreprises au sens européen ;
• les jeunes entreprises innovantes ;
• les entreprises nouvelles détenues à 50 % au moins par des personnes physiques ou par des fonds de capital-risque sans lien de dépendance, pour l’année de leur création et les quatre suivantes ;
• les entreprises en conciliation, sauvegarde, redressement ou liquidation judiciaire.

Une société créée depuis moins de deux ans doit joindre à sa demande de remboursement les pièces qui prouvent la réalité des dépenses. C’est le moment où un dossier mal tenu se voit.

Entre la dépense et le remboursement, plusieurs mois s’écoulent. Pour combler l’écart, Bpifrance propose l’offre Avance+ CIR : une avance pouvant aller jusqu’à 80 % du montant de la créance cédée, avec un minimum de 100 000 €, après validation des dépenses par un expert indépendant, pour une durée de douze mois renouvelable jusqu’au remboursement par l’État. La loi autorise cette cession par exception, la créance étant par principe incessible. Dans notre exemple, une créance de 77 220 € reste sous le minimum de l’offre. Pendant une levée, cette créance fait partie des actifs que les investisseurs examinent : notre guide de la levée de fonds détaille la préparation de la due diligence.

CIR, CII et statut JEI : comment les combiner ?

Le statut de jeune entreprise innovante et le CIR se cumulent. Le statut apporte surtout des exonérations de cotisations patronales sur le personnel de recherche ; le CIR apporte un crédit d’impôt sur les mêmes dépenses. Ils interagissent sur trois points.

D’abord l’assiette. Le BOFiP ne retient que les cotisations patronales « versées par l’entreprise ». Une cotisation exonérée au titre de la JEI n’est pas versée : elle n’entre pas dans le calcul du CIR. Le salaire chargé d’un ingénieur pèse donc moins lourd dans l’assiette d’une JEI que dans celle d’une start-up qui n’a pas le statut, et le forfait de fonctionnement, calculé sur ce même montant, baisse dans la même proportion.

Ensuite le remboursement. La JEI figure parmi les entreprises qui obtiennent le remboursement immédiat de leur créance, indépendamment de son âge ou de sa taille.

Enfin la cohérence des deux dossiers. Le statut JEI repose lui aussi sur un volume de dépenses de recherche. Les mêmes chiffres servent aux deux, et une incohérence entre la déclaration 2069-A-SD et la justification du statut attire l’attention lors d’un contrôle.

Les instruments d’intéressement des chercheurs n’y changent rien. Les BSPCE attribués aux ingénieurs ne sont pas une rémunération versée par la société : ils ne figurent pas parmi les éléments que le BOFiP retient dans la dépense de personnel (salaires, congés payés, primes, avantages en nature, cotisations obligatoires).

Comment sécuriser le crédit avant un contrôle ?

Le CIR est déclaré par l’entreprise elle-même, et l’administration peut le contrôler après coup puis remettre en cause tout ou partie du crédit. Pour une start-up, deux outils limitent ce risque.

Le rescrit d’abord. L’article L. 80 B du livre des procédures fiscales permet de demander à l’administration si un projet est éligible. La demande doit être déposée au moins six mois avant la date limite de dépôt de la déclaration, à partir d’une présentation écrite, précise et complète du projet. Sans réponse motivée dans un délai de trois mois, l’entreprise de bonne foi est protégée. Le 3° de l’article couvre le CIR et le CII ; le 3° bis permet d’interroger directement les services du ministère de la recherche sur le caractère scientifique et technique d’un projet de recherche. Pour un projet pluriannuel, la demande se fait avant la première déclaration.

La documentation ensuite, constituée pendant l’année et non au moment de déclarer : feuilles de temps par projet, état de l’art qui montre le verrou à lever, comptes rendus d’essais, y compris les échecs. Le crédit se perd rarement sur le calcul ; il se perd quand la société ne peut pas démontrer que les travaux étaient de la recherche ou que les personnes déclarées y ont réellement passé le temps indiqué.

Point de vigilance du cabinet

Plusieurs sources que les dirigeants consultent en premier ne sont pas à jour. La fiche service-public.fr sur le CII, vérifiée le 20 février 2026, mentionne encore la prise en compte pour le double des jeunes docteurs, que la loi de finances pour 2025 a supprimée. Beaucoup de guides en ligne listent toujours les brevets et la veille technologique parmi les dépenses du CIR, ou annoncent un CII à 30 %. Et l’extrait de la fiche officielle affiché dans les résultats de Google annonce un CII à 35 % : c’est en réalité le taux des moyennes entreprises en Corse. Avant de chiffrer un crédit, le seul repère fiable reste le texte de l’article 244 quater B dans sa version en vigueur pour l’année des dépenses.

Deuxième point, plus propre aux start-up : les fondateurs non rémunérés. Ils représentent souvent la moitié de l’effort de recherche des premières années, mais sans rémunération déductible, leur temps ne compte pas. Leur effet sur le CIR se chiffre au moment de décider de leur rémunération.

Votre interlocuteur : Anthony Haddad, expert-comptable et commissaire aux comptes, co-fondateur de Myne, suit les start-up du cabinet. Nous calculons le CIR et le CII avec vous, préparons la déclaration 2069-A-SD et la demande de remboursement, et vérifions la cohérence avec votre statut JEI. Découvrez notre accompagnement des start-up ou présentez-nous votre projet : première réponse sous 24 h ouvrées.

Questions fréquentes

Qui peut bénéficier du crédit d’impôt recherche ?

Toute entreprise industrielle, commerciale ou agricole imposée au réel, ou exonérée au titre de certains régimes comme la jeune entreprise innovante, qui engage des dépenses de recherche localisées dans l’Union européenne ou l’Espace économique européen. La taille, l’âge et le résultat de l’entreprise n’entrent pas en compte.

Quel est le plafond du crédit d’impôt recherche ?

Le CIR n’a pas de plafond de crédit. Son taux passe de 30 % à 5 % pour la fraction des dépenses qui dépasse 100 millions d’euros. Le CII, lui, retient au plus 400 000 € de dépenses par an, soit un crédit maximal de 80 000 € en métropole.

Une start-up déficitaire peut-elle toucher le CIR ?

Oui. Sans impôt à payer, le crédit devient une créance sur l’État. Une PME, une jeune entreprise innovante ou une entreprise nouvelle peut en demander le remboursement immédiat au lieu d’attendre trois ans.

Peut-on cumuler le CIR et le CII ?

Oui, dans la même entreprise et sur le même formulaire 2069-A-SD, mais pas sur les mêmes dépenses. Chaque dépense est rattachée soit à la recherche, soit à la conception du prototype.

Le développement d’une application ou d’un SaaS est-il éligible ?

Au CIR, seulement si le projet lève une incertitude technique que l’état de l’art ne résout pas. Au CII, si le logiciel constitue un nouveau produit aux performances supérieures, non encore disponible sur le marché. Une simple évolution d’une offre existante n’ouvre droit à aucun des deux.

Comment déclarer le CII ?

Sur le formulaire 2069-A-SD, le même que pour le CIR, déposé avec le relevé de solde de l’impôt sur les sociétés au plus tard le 15 du quatrième mois qui suit la clôture. Si des travaux de conception sont sous-traités, le prestataire doit être agréé pour que la dépense soit retenue.

Le statut JEI est-il cumulable avec le crédit d’impôt recherche ?

Oui. La JEI exonère de cotisations patronales le personnel de recherche et le CIR s’ajoute. Les cotisations exonérées ne sont simplement pas comptées dans l’assiette du crédit.

Sources

• Code général des impôts, article 244 quater B, version en vigueur depuis le 1^er janvier 2026 (consultée le 8 octobre 2026) : taux, dépenses éligibles, CII au k du II, subventions et honoraires de conseil au III.
• Code général des impôts, article 199 ter B : imputation, report de trois ans et remboursement immédiat (consulté le 8 octobre 2026).
• Loi n° 2025-127 du 14 février 2025 de finances pour 2025, articles 55 à 58 : forfait de fonctionnement à 40 %, suppression du régime des jeunes docteurs et des dépenses de brevets et de veille, CII à 20 % et prorogé jusqu’en 2027.
• Livre des procédures fiscales, article L. 80 B, 3° et 3° bis : rescrit CIR (version en vigueur depuis le 29 juillet 2026).
• BOFiP, BOI-BIC-RICI-10-10-20-20 du 13 août 2025 : dépenses de personnel, dirigeants, stagiaires, cotisations sociales obligatoires.
• Service-public.fr, fiches Crédit d’impôt recherche et Crédit d’impôt innovation (vérifiée le 20 février 2026) : définition des PME, exemple du SaaS, date de dépôt.
• Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, Guide du crédit d’impôt recherche 2025.
• Bpifrance, offre Avance+ CIR (consultée le 8 octobre 2026).