Facturation électronique que fait l’expert-comptable ?

Beaucoup de dirigeants pensent que leur cabinet a déjà réglé la question, ou que leur logiciel s’en charge. Aucune des deux hypothèses ne tient seule. La réforme fait porter l’obligation sur l’entreprise assujettie, pas sur son conseil ni sur son éditeur, et rien n’inclut par défaut le pilotage de cette bascule dans une mission comptable. Un cabinet peut prendre une large part du travail, à condition que le partage soit écrit. Cette page donne la matrice de répartition tâche par tâche, ce qu’une lettre de mission doit préciser, et les quinze questions à poser avant de supposer que c’est fait.

En bref

• Votre expert-comptable ne fait rien automatiquement : la réforme n’ajoute aucune prestation à une mission comptable existante, et ce qui n’est pas écrit n’est pas dû.
• L’obligation reste celle de l’entreprise assujettie. Le cabinet, l’éditeur et la plateforme agréée interviennent comme prestataires, chacun sur son périmètre.
• Trois décisions ne se délèguent pas : l’accord écrit donné à la plateforme pour vous déclarer dans l’annuaire, le tri entre vos flux quand ils sont ambigus, et la fiabilité de votre fichier clients.
• Le Conseil national de l’ordre des experts-comptables présente l’expert-comptable comme le contact de référence pour choisir une plateforme, et la DGFiP le cite parmi les intermédiaires possibles : c’est une position naturelle, pas une obligation contractuelle.
• Action : reprenez la matrice ci-dessous avec votre cabinet, ligne par ligne, et faites porter le résultat dans la lettre de mission ou dans un avenant daté.
• Risque principal : croire qu’un silence vaut prise en charge. Une défaillance d’un tiers ne vous exonère que si vous démontrez vos propres diligences.

Le point de départ : l’obligation pèse sur l’entreprise

Le code général des impôts vise l’assujetti. C’est lui qui doit émettre, transmettre et recevoir ses factures en recourant à une plateforme agréée, et lui qui transmet ses données de transaction et de paiement. Les amendes suivent la même logique : elles s’appliquent à l’entreprise, à l’exception de celles qui pèsent sur la plateforme agréée pour ses propres manquements de transmission.

Ce point a une conséquence directe sur la lecture de la matrice qui suit. La responsabilité finale, la lettre A dans le tableau, reste sur l’entreprise à toutes les lignes. Ce qui se négocie, c’est qui réalise, qui est consulté et qui est informé. Pour le cadre général de la réforme, notre guide de la facturation électronique et de l’e-reporting pose l’ensemble du dispositif.

La matrice de répartition, tâche par tâche

Lecture des lettres : R réalise la tâche, A en répond devant l’administration, C est consulté avant la décision, I est informé du résultat. Cette répartition est une proposition de travail, à discuter et à ajuster : aucun texte ne l’impose, et c’est précisément pour cela qu’elle doit être écrite quelque part.

Trois lignes méritent un commentaire. L’accord donné à la plateforme porte deux R : l’entreprise signe, la plateforme exécute l’inscription et la met à jour. L’archivage n’a de R chez personne d’autre que l’entreprise, parce que la conservation n’entre pas dans les fonctions minimales d’une plateforme agréée. La qualification des flux, elle, est la ligne où un cabinet apporte le plus, et celle qu’on oublie le plus souvent de commander.

Ce qu’une mission comptable ne couvre pas par défaut

Une mission de tenue, de révision ou de présentation des comptes porte sur la production comptable et fiscale. Elle ne comprend pas, sauf mention expresse, le choix d’une plateforme agréée, le paramétrage d’un outil de facturation, la reprise du fichier clients, le suivi quotidien des statuts, la régularisation des factures rejetées, ni l’archivage de vos factures d’origine. Ces travaux existent, ils prennent du temps, et ils se commandent.

Un signal simple aide à le vérifier : si aucun avenant, aucune ligne de devis et aucune modification d’honoraires n’est intervenue depuis l’annonce de votre calendrier d’obligation, il est probable que rien n’a été ajouté à la mission. Cela ne dit rien de la qualité du cabinet, seulement de l’étendue de ce qui a été convenu.

Un point vaut d’être connu parce qu’il surprend : la relation entre vous et votre cabinet ne relève pas de votre éditeur. Sur son propre parcours d’inscription, un éditeur de logiciels de gestion écrit qu’un mandat d’accord peut être établi entre l’expert-comptable et son client pour autoriser l’inscription à la plateforme, en précisant que ce mandat n’est pas géré par l’éditeur. Autrement dit, l’outil enregistre une inscription, il ne produit pas le document qui la justifie.

Ce que la lettre de mission doit préciser

La lettre de mission délimite ce que le cabinet fait et ce qu’il ne fait pas. Sur ce sujet, elle gagne à trancher huit points, sans formule générale du type « accompagnement à la réforme ».

• Qui choisit la plateforme agréée, et qui signe le contrat qui la lie à l’entreprise.
• Qui signe l’accord formel autorisant la plateforme à inscrire l’entreprise dans l’annuaire, et où ce document est conservé.
• Si un mandat est donné au cabinet, son objet exact, sa durée et ses conditions de révocation.
• Qui contrôle les statuts renvoyés par la plateforme, à quelle fréquence, et qui alerte en cas de rejet.
• Qui transmet les données d’e-reporting, à quelle échéance, et ce qui se passe en cas d’absence d’opération sur une période.
• Qui conserve les factures d’origine, sur quel support et pour quelle durée.
• Ce qui se passe si la plateforme est indisponible ou perd son immatriculation.
• Ce qui reste facturé en supplément, avec l’unité de mesure retenue : au dossier, au flux, ou au temps passé.

Ce que Myne peut sécuriser

Ces travaux ne sont pas inclus d’office dans une mission comptable, chez Myne comme ailleurs. Ce qui se discute avec le cabinet, ligne par ligne, c’est la qualification de vos flux, le contrôle périodique des statuts et le rapprochement entre les factures transmises et les écritures. Demandez que le périmètre retenu figure sur le devis de la mission comptable et fiscale, avec ce qui en est exclu. Un devis qui ne mentionne pas ce sujet ne le couvre pas.

Les quinze questions à poser à votre expert-comptable

Posez-les par écrit, en une fois. Les réponses valent inventaire de ce qui est couvert et de ce qui ne l’est pas.

1. À quelle date mon entreprise devient-elle soumise à l’obligation d’émettre, compte tenu de sa catégorie appréciée au 1er janvier 2025 ?
2. Ma plateforme agréée de réception est-elle désignée aujourd’hui, et sous quel nom figure-t-elle sur la liste de la DGFiP ?
3. Qui a signé l’accord formel autorisant cette plateforme à m’inscrire dans l’annuaire, et où est conservé ce document ?
4. Mon adresse de facturation électronique est-elle effectivement déclarée, et pour quel usage : réception, émission, ou transmission des données seulement ?
5. Quels de mes flux relèvent de la facture électronique, lesquels de l’e-reporting, et lesquels sont hors champ ?
6. Qui transmet mes données de transaction et de paiement, et à quelle périodicité selon mon régime de TVA ?
7. Qui regarde les statuts renvoyés par la plateforme, à quelle fréquence, et par quel canal suis-je alerté d’un rejet ?
8. En cas de refus d’une facture par un client, qui décide de la suite et qui produit la facture rectificative ?
9. Mon fichier clients a-t-il été repris, et sur quel périmètre : tous les comptes, ou les principaux en volume ?
10. Mes factures respectent-elles les mentions ajoutées, dont le numéro SIREN du client et la nature des opérations facturées ?
11. Qui conserve mes factures d’origine, sous quelle forme, et jusqu’à quelle date, compte tenu de l’allongement du délai à dix ans prévu par la loi du 25 juin 2026 ?
12. Qu’est-ce qui, dans tout cela, est compris dans mes honoraires actuels, et qu’est-ce qui ferait l’objet d’un complément ?
13. Quelles pièces constituent aujourd’hui la preuve de ma trajectoire de conformité, et qui les rassemble ?
14. Que se passe-t-il, pour moi et pour le cabinet, si ma plateforme est indisponible plusieurs jours ?
15. Si je change de plateforme ou d’outil, qui pilote la bascule et sous quel délai ?

Où s’arrête la responsabilité de chacun

L’administration a indiqué qu’une entreprise n’a pas vocation à être sanctionnée du seul fait d’une défaillance imputable à un tiers, éditeur, plateforme ou prestataire, ni d’un incident d’un outil de l’État. La condition est explicite : démontrer ses propres diligences. La sortie de responsabilité n’est donc pas automatique, elle se prouve.

Les éléments attendus sont connus, la DGFiP les a listés : contrat avec une plateforme agréée, échanges avec l’éditeur, l’expert-comptable ou la banque, calendrier de raccordement, distinction entre les flux déjà électroniques et ceux qui restent, tests, tickets d’assistance, mesures transitoires, actions de régularisation, consignes internes. Il est précisé qu’une simple déclaration d’intention ne suffit pas. Ce dossier n’existe que si quelqu’un a la charge de le tenir, et la matrice ci-dessus place cette ligne du côté du dirigeant.

Du côté de la plateforme, la responsabilité est distincte et chiffrée : un manquement à ses obligations de transmission des données de facturation entraîne une amende de 50 € par facture à sa charge, dans la limite de 45 000 € par année civile. Son immatriculation peut aussi lui être retirée, avec un délai avant effet et une obligation d’informer ses clients. Ces mécanismes protègent l’entreprise, ils ne la dispensent pas de surveiller ses propres flux.

Questions fréquentes

Mon expert-comptable peut-il choisir ma plateforme agréée ?

Il peut l’instruire, la recommander et engager la démarche. Le Conseil national de l’ordre des experts-comptables le présente comme le contact de référence sur ce choix, et la DGFiP le cite parmi les intermédiaires possibles pour désigner une plateforme de réception. La décision reste imputée à l’entreprise, et la plateforme retenue doit disposer d’un accord formel de l’assujetti pour l’inscrire dans l’annuaire. Un cabinet ne peut donc pas vous inscrire à votre insu.

Le cabinet peut-il transmettre mon e-reporting à ma place ?

Les données sont transmises par l’entreprise qui réalise l’opération, à sa plateforme agréée, éventuellement par l’intermédiaire d’une solution compatible. Un cabinet peut opérer cette transmission dans l’outil, à condition d’avoir les accès, les données à jour et la mission correspondante. La périodicité dépend du régime de TVA, et l’amende de 500 € porte sur une transmission non effectuée, pas sur une opération. C’est une raison suffisante pour désigner nommément qui appuie sur le bouton.

Faut-il changer de cabinet si le mien n’utilise pas mon logiciel ?

Pas nécessairement. La réglementation autorise une entreprise à choisir plusieurs plateformes agréées, et notamment une plateforme de réception distincte de celle d’émission. Ce qui compte est l’existence d’un chemin documenté entre votre outil et la production comptable, pas l’identité des marques. Le sujet devient réel quand ce chemin passe par des exports manuels répétés, parce que la ressaisie est le premier générateur d’écarts. Indy, Qonto et Pennylane sont eux-mêmes immatriculés comme plateformes agréées, ce qui ne dit rien de ce que chacun couvre autour de la facture.

Mes déclarations de TVA changent-elles ?

Non. Les obligations déclaratives de TVA restent inchangées par la réforme : les déclarations mensuelles, trimestrielles ou annuelles se déposent comme avant. L’administration indique que les données collectées serviront à terme à un pré-remplissage des déclarations, sans qu’aucune date officielle ait été annoncée. La répartition des rôles sur la TVA n’a donc pas de raison de bouger dans votre lettre de mission.

Qui archive mes factures, mon cabinet ou ma plateforme ?

Ni l’un ni l’autre par défaut. La conservation n’entre pas dans les fonctions minimales d’une plateforme agréée, et un éditeur écrit explicitement qu’un module complémentaire est nécessaire pour la remplir. Le délai court sur 6 ans, et sur 10 ans pour les pièces dont la conservation ne s’achève pas avant le 1er janvier 2027. Faites nommer un responsable, un support et une durée, sur les factures émises comme sur les factures reçues.

Le cabinet est-il responsable si une facture n’est pas transmise ?

Le manquement est constaté chez l’assujetti, donc chez vous. La responsabilité du cabinet se règle sur le terrain contractuel, à partir de ce que la lettre de mission lui confie. C’est la raison pour laquelle un partage écrit vaut mieux qu’un usage tacite : sans document, la discussion se tient après l’incident, sur la base de souvenirs divergents.

Ce qu’il faut arbitrer avant la fin de l’exercice

1. Imprimez la matrice, remplissez la colonne « Expert-comptable » avec ce que vous croyez couvert, puis envoyez-la au cabinet pour qu’il corrige. L’écart entre les deux versions est le vrai sujet.
2. Envoyez les quinze questions et classez les réponses avec vos pièces de conformité.
3. Faites porter le partage retenu dans la lettre de mission ou dans un avenant daté, avec ce qui reste exclu.
4. Nommez une personne responsable du dossier de trajectoire, et donnez-lui un rendez-vous mensuel de quinze minutes plutôt qu’une revue annuelle.

Si votre dossier est tenu dans un environnement partagé avec le cabinet, la discussion porte moins sur l’outil que sur les accès et les contrôles. Notre page consacrée aux dossiers tenus dans Pennylane détaille les points à faire préciser dans le devis, et le principe vaut pour n’importe quel autre environnement.

Sources officielles consultées

• Article 289 bis du code général des impôts, obligation de recourir à une plateforme agréée
• Article 290 du code général des impôts, transmission des données de transaction
• Articles 242 nonies E et suivants de l’annexe II au code général des impôts, fonctions des plateformes et annuaire
• Article 1737 du code général des impôts, amendes en matière de facturation
• Article 1788 E du code général des impôts, retrait de l’immatriculation d’une plateforme
• Loi n° 2026-534 du 25 juin 2026, article 36, durée de conservation portée à dix ans
• Guide pratique de démarrage au 1er septembre 2026 et FAQ, impots.gouv.fr
• Les déclarations de TVA restent dues, FAQ professionnels de la DGFiP
• Comprendre la facturation électronique, Conseil national de l’ordre des experts-comptables

Informations vérifiées le 4 septembre 2026.