Myne est un cabinet d’expertise comptable et de commissariat aux comptes installé à Paris 17e. Nous suivons des ingénieurs conseils et des bureaux d’études : structure, fluides, thermique, industrie, environnement. Votre activité paraît être du conseil, mais dès que votre mission porte sur un ouvrage, vous entrez dans le droit de la construction : vos assurances, votre responsabilité et même votre régime de TVA en sont modifiés.
Les enjeux propres à l’ingénierie
Une mission sur un ouvrage engage la responsabilité décennale
C’est le point qui distingue radicalement l’ingénieur d’un consultant ordinaire. Les personnes liées au maître de l’ouvrage par un contrat de louage d’ouvrage, dont les bureaux d’études et les maîtres d’œuvre, sont présumées responsables pendant dix ans des dommages compromettant la solidité de l’ouvrage ou le rendant impropre à sa destination.
Cette responsabilité impose une assurance décennale souscrite avant l’ouverture du chantier, dont l’attestation est réclamée par le maître d’ouvrage. Elle a trois conséquences de gestion : une prime significative à intégrer au coût de revient de chaque mission, une garantie subséquente à maintenir après la cessation d’activité, et un devoir de vigilance sur le périmètre exact des missions acceptées, car une extension de mission non déclarée à l’assureur peut ne pas être couverte.
Intervenir en sous-traitance déclenche l’autoliquidation
Lorsque votre mission d’ingénierie s’inscrit dans la réalisation de travaux immobiliers et que vous intervenez pour le compte d’une entreprise principale assujettie, la TVA est due par le donneur d’ordre : vous facturez sans TVA, avec la mention d’autoliquidation.
La difficulté est de qualifier la mission. Une étude d’ingénierie purement intellectuelle, sans lien direct avec l’exécution de travaux, reste soumise à la TVA dans les conditions de droit commun. Une mission de conception intégrée à un marché de travaux en sous-traitance y échappe. Une facture portant de la TVA à tort dans le second cas n’ouvre aucun droit à déduction pour le client, qui en demandera le remboursement. Notre page expert-comptable BTP reprend cette question dans un tableau de décision de la TVA des travaux, utile pour arbitrer les missions frontalières.
Les phases de mission commandent le rattachement du produit
Une mission de maîtrise d’œuvre se décompose en phases successives, des études préalables au suivi de chantier et à la réception. Le produit se rattache à l’avancement des phases réellement exécutées, et non au calendrier de facturation prévu au contrat.
Deux retraitements en découlent à chaque clôture : les phases exécutées non encore facturées constituent des factures à établir, et les acomptes reçus sur des phases non réalisées des produits constatés d’avance. Sur des chantiers de plusieurs années, l’écart entre facturation et avancement se compte en dizaines de milliers d’euros.
Le suivi de chantier consomme plus que prévu
Dans presque tous les bureaux d’études, la phase de suivi d’exécution dépasse son budget : réunions de chantier, reprises, mises au point, gestion des aléas. Comme elle est souvent forfaitisée, le dépassement est absorbé sans marge.
Nous mesurons le temps réellement passé par phase et par affaire, et constituons une provision pour perte à terminaison dès que le coût prévisible d’une mission dépasse ses honoraires. C’est ce suivi qui permet de retarifer les missions suivantes sur une base réelle.
Crédit d’impôt recherche et missions d’étude
Certaines missions comportent des travaux réellement éligibles au crédit d’impôt recherche, notamment en modélisation, matériaux ou performance énergétique. La condition reste la même : lever une incertitude scientifique ou technique par des travaux systématiques, documentés au fil de l’eau. L’application de méthodes connues à un projet nouveau n’y ouvre pas droit.
Notre accompagnement à chaque étape
Installation : créer le bureau d’études
Choisir la forme et cadrer les assurances
Nous arbitrons la forme sociale et vérifions la cohérence entre le périmètre de missions envisagé et les garanties souscrites, puis constituons la société.
Construire le taux horaire d’équilibre
Nous intégrons les primes d’assurance, les logiciels de calcul et le temps non facturable au coût horaire réel, base de toute proposition d’honoraires.
Qualifier le régime de TVA des missions
Nous déterminons, pour chaque type de mission, si l’autoliquidation s’applique, et paramétrons les mentions de facturation.
Quotidien : affaires, temps et déclarations
Suivi des temps par affaire et par phase
Nous rapprochons temps consommés, avancement et facturation, affaire par affaire.
Factures à établir et produits constatés d’avance
Nous retraitons à chaque clôture l’écart entre avancement réel et facturation.
Provisions pour perte à terminaison
Nous les constituons dès que le coût prévisible d’une mission dépasse ses honoraires.
Paie et affectation analytique
Notre mission de paie traite les ingénieurs, projeteurs et techniciens, avec affectation de leur temps aux affaires.
Développement : honoraires, spécialités, équipe
Retarifer les missions déficitaires
Nous identifions les phases systématiquement dépassées, presque toujours le suivi d’exécution, et proposons une refonte du découpage contractuel plutôt qu’une hausse globale.
Constituer les dossiers de crédit d’impôt
Nous organisons la documentation technique et l’affectation des temps aux travaux éligibles.
Recruter ou sous-traiter
Nous comparons le coût complet d’un ingénieur salarié à celui d’un sous-traitant, en intégrant la vigilance à exercer sur les obligations de ce dernier.
Transmission ou cessation
Céder le bureau d’études
La valeur tient au carnet de commandes, aux références sectorielles et à l’indépendance vis-à-vis du dirigeant. La question des garanties décennales encore en cours et de la garantie subséquente doit être traitée dans l’acte.
Les outils connectés à votre bureau d’études
Gestion d’affaires, temps et comptabilité
Nous connectons votre outil de gestion d’affaires et de suivi des temps à la comptabilité, avec un rapprochement automatique entre avancement et facturation.
Facturation électronique
Réception obligatoire depuis le 1er septembre 2026, émission au 1er septembre 2027 pour les PME et microentreprises. Les factures en autoliquidation doivent porter les mentions correctes dans le format électronique, sous peine de rejet par la plateforme du client.
Si votre place dans l’opération n’est pas celle du maître d’œuvre
Trois métiers voisins déplacent les questions traitées ici. Un architecte exerce lui aussi une mission de conception, mais avec ses propres règles de rémunération : notre page architecte traite la TVA de ses missions et l’organisation de ses honoraires.
Si vous exécutez les travaux au lieu de les concevoir, la question de l’autoliquidation ne se pose plus dans les mêmes termes et le devis devient la pièce centrale du dossier : c’est ce que traite notre page artisan du bâtiment, qui prend ensemble la TVA, la décennale et le devis.
Enfin, un ingénieur inscrit sur une liste d’experts judiciaires perçoit une rémunération qui ne suit pas le circuit d’un honoraire de maîtrise d’œuvre : consignation préalable, taxation de la mission et durées longues déplacent le rattachement du produit. Notre page expert judiciaire traite ces trois points.
FAQ : les questions fréquentes des ingénieurs
Quel est le tarif d’un expert-comptable pour un bureau d’études ?
Il dépend du chiffre d’affaires, de l’effectif, du nombre d’affaires en cours et du suivi d’avancement attendu. Nous chiffrons après avoir vu un exercice et un état des affaires.
Un ingénieur conseil est-il soumis à la garantie décennale ?
Oui lorsqu’il est lié au maître de l’ouvrage par un contrat de louage d’ouvrage : la présomption de responsabilité décennale s’applique, et l’assurance correspondante doit être souscrite avant l’ouverture du chantier.
Faut-il facturer avec ou sans TVA en sous-traitance ?
Sans TVA, avec la mention d’autoliquidation, lorsque la mission s’inscrit dans des travaux immobiliers réalisés pour une entreprise principale assujettie. Une étude purement intellectuelle sans lien avec l’exécution reste taxable.
Comment rattacher les honoraires d’une mission de maîtrise d’œuvre ?
À l’avancement des phases réellement exécutées, avec factures à établir pour les phases réalisées non facturées et produits constatés d’avance pour les acomptes reçus sur phases non réalisées.
Que faire d’une mission dont le budget est dépassé ?
Recalculer l’avancement sur le budget révisé et constituer une provision pour perte à terminaison dès que le coût prévisible dépasse les honoraires.
Quelle assurance faut-il maintenir après la cessation d’activité ?
Une garantie subséquente couvrant les réclamations postérieures à la cessation, la responsabilité décennale s’étendant sur dix ans à compter de la réception des ouvrages concernés.
Les missions d’étude ouvrent-elles droit au crédit d’impôt recherche ?
Seulement celles qui lèvent une incertitude scientifique ou technique par des travaux systématiques, documentés au fil de l’eau. L’application de méthodes connues à un projet nouveau n’y ouvre pas droit.
Comment sécuriser le recours à des sous-traitants ?
Par la vérification périodique de leur attestation de vigilance et de leurs assurances, et par un contrat définissant précisément le périmètre transféré et les responsabilités.
Comment fixer ses honoraires ?
À partir du coût horaire réel incluant les primes d’assurance, les logiciels et le temps non facturable, appliqué au temps prévisible par phase, avec une marge pour aléas sur le suivi d’exécution.
Quels indicateurs suivre dans un bureau d’études ?
Le taux horaire effectif par affaire, l’écart entre budget et temps réel par phase, le taux d’occupation des ingénieurs, l’encours non facturé et le carnet de commandes en mois d’activité.
Sources officielles
- Code civil, article 1792 : présomption de responsabilité décennale des constructeurs.
- Code civil, article 1792-1 : personnes réputées constructeurs, dont les bureaux d’études et maîtres d’œuvre.
- Code des assurances, article L. 241-1 : obligation d’assurance de responsabilité décennale avant l’ouverture du chantier.
- CGI, article 283, 2 nonies : autoliquidation de la TVA pour les travaux immobiliers réalisés en sous-traitance.
- Règlement ANC n° 2014-03, articles 622-1 et suivants : contrats à long terme et provision pour perte à terminaison.
- CGI, article 244 quater B : crédit d’impôt recherche.
- Code du travail, articles L. 8222-1 et D. 8222-5 : obligation de vigilance à l’égard des sous-traitants.
Mise à jour le 6 septembre 2026.
Parler de votre bureau d’études avec Myne
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